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FAQ - よくある質問とその答え

FAQ とは "Frequently Asked (またはAnswered) Questions" の略称です。
CfCAの共同利用計算機システムに関して利用者各位よりこれまでに寄せられた質問のうち、
質問の頻度や重要性が高いと思われる質問とそれへの典型的な回答例を以下にまとめました。
各計算機システムの利用の手引きを読んで不明な点があれば、
窓口へ問い合わせる前に以下のFAQ内に必要な情報が無いかどうかを調べましょう。

XC50に関する質問

Q.
NISパスワードを変更するにはどうすれば良いですか？

A.
以下のコマンド

  yppasswd user_id

で変更できます。なお新しいパスワードが反映されるまで数分かかるのでご注意下さい。
またCfCAの他機材(解析サーバなど)とパスワードが共通化されていますので、パスワード変更を行うと他の機材にも反映されます。

Q.
ログインシェルを変更するにはどうすれば良いですか？

A.
以下のコマンド

  ypchsh user_id

で変更できます。bash, csh, tcsh, ksh, zshが選択可能です。
NISパスワード変更と同様に、反映まで数分かかるのでご注意下さい。
また、御自分が現在ご使用のシェルは以下で確認できます。

  finger user_id

Q.
私のジョブが長いこと待ち状態にあります。ジョブ開始時刻を知る方法はありますか？

A.
申し訳ありません、ジョブの実行開始時刻を正確に知る方法は準備されておりません。
PBSジョブは原則として投入された順に実行されますので、XC50が混雑している場合にはジョブの投入から実行までに少々のお時間が必要となります。
また小規模なジョブと比較して多数のノードを必要とするジョブは、システムが混雑していると実行されづらい傾向があります。
ご不便をお掛けしますが今しばらくお待ちください。

Q.
エラーメッセージ "export: Command not found." が出てジョブが走りません。

A.
ログインシェルとスクリプトの記法の不一致により、ジョブがうまく投げられないことがあります。
特に、利用手引きのスクリプト例はbashで書かれていますので、cshおよびtcshのユーザはご注意ください。
例えばcshやtcshのユーザがジョブスクリプト中で

  export OMP_NUM_THREADS=1

としても、認識されません。

  setenv OMP_NUM_THREADS 1

と記述してください。

Q.
"relocation truncated to fit" とはどのような意味でしょうか？
私のコードをコンパイルすると以下のエラーが出、コンパイルが止まります。対策は何でしょうか？

  Linking ...
  /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hogehoge.o): In function `MPID_nem_gni_process_remote_data_ack':
  hogehoge.c:(.text+0x15b): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `MPID_nem_gni_send_recv_bufs' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  hogehoge.c:(.text+0x15b): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `MPID_nem_gni_send_recv_bufs' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  hogehoge.c:(.text+0x216): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `MPID_nem_gni_send_bufs' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  hogehoge.c:(.text+0x222): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `MPID_nem_gni_g2g_bufs' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hogehoge.o): In function `MPID_nem_gni_process_ch3_pkt_w_data':
  hogehoge.c:(.text+0x3f7): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `_cray_mpi_memcpy' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(allreduce.o)
  /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hogehoge.o): In function `MPID_nem_gni_progress_localCQ':
  hogehoge.c:(.text+0xdee): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `MPID_nem_gni_local_nic_addrs' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  hogehoge.c:(.text+0xe7f): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `MPID_nem_gni_local_nic_addrs' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  hogehoge.c:(.text+0xe99): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `MPID_nem_gni_nic_hndls' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hogehoge.o): In function `MPID_nem_gni_progress_remote_data':
  hogehoge.c:(.text+0x100a): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `MPID_nem_gni_nic_hndls' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  hogehoge.c:(.text+0x10f6): relocation truncated to fit: R_X86_64_PC32 against symbol `MPID_nem_gni_nic_hndls' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hogehoge.o): In function `MPID_nem_gni_process_remote_data':
  hogehoge.c:(.text+0x164c): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `MPID_nem_gni_queue_work_head' defined
    in COMMON section in /opt/cray/mpt/5.6.3/gni/mpich2-cray/74/lib/libmpich_cray.a(hoge.o)
  hogehoge.c:(.text+0x1653): additional relocation overflows omitted from the output
  make: *** [main] エラー 1

A.
これはコンパイル時に使用されるメモリがデフォルトで割り当てられる2 GBを超えた時に見られる典型的なエラーです。
最も簡単な対処法は、コンパイル時に下記のオプションを追加するものです。
クレイコンパイラをお使いならば、以下を実行します。

  ftn -hpic -dynammic f.f90

GNUコンパイラをお使いならば、以下です。

  ftn -fpic -dynamic -mcmodel=medium f.f90

インテルコンパイラをお使いならば、以下です。

  ftn -fpic -dynamic -shared-intel -mcmodel=medium f.f90

上記のコマンドを打つことでコンパイル時に2GB以上のメモリを使うことができます。
このオプションを使用することの短所、および他の対処法については利用手引きを参照してください。

Q.
GSLライブラリを使用したいのですが、どうすれば良いでしょう？

A.
モジュールをロードしてください。

  $ module load gsl

でロードできます。そして

  $ echo ${GSL_DIR}
  /work/opt/local/gsl/2.4/INTEL/180

とすることでライブラリのディレクトリパスが分かります。
XC50上で利用できるライブラリとその使用法に関しては、利用手引きを参照して下さい。

Q.
異常終了するジョブのトレースバック情報を得るにはどうすれば良いでしょう？

A.
コンパイル時にオプションを加えることでトレースバック情報を得ることができます。
具体的な実行方法についてはプログラミングガイドを参照して下さい。
例えば、Cray Fortranの場合は以下を行います。

環境変数 ATP_ENABLED を 1 に設定する
コンパイル時の-Gオプションに低い値を付与する (0か1)
コンパイル時に-K trap=divz,fp,invオプションを付与する

Intel Fortranの場合は以下を行います。

最適化のレベルを下げる
トレースバックオプションを付与する
シンボルテーブルオプションを付与する

これらによりトレースバック情報が出力されるようになります。

Q.
他ユーザが使用していないのにdebugキューに投入したジョブが実行待ちになる。何故？

A.
XC50システムではdebug用に2ノードが確保されています。
debugキューの使用にはキュー名の指定が必要です。

  #PBS -q debug

XC30時代とは異なりmpplabelsの指定は不要になりましたので御注意ください。

Q.
ログイン時に /usr/bin/xauth: error in locking authority file ... と言われる。
そしてアプリケーション等を何ひとつ起動できない。これはなぜか？

A.
ログイン時に

  /usr/bin/xauth: error in locking authority file /home/user_name/.Xauthority

といったメッセージが表示され、アプリケーションが起動できない場合には、
/home領域がquota超過している可能性があります。
quotaの使用量は以下で調べられます。

  quota -v

ファイルの移動や削除を行なって使用量を上限未満にしてください。

Q.
ログイン時に Could not resolve hostname xc.cfca.nao.ac.jp ... と言われる。
これは何を意味するのか？

A.
VPN接続後にXC50にログインする際、もしも

  ssh -Y username [at] xc.cfca.nao.ac.jp
  ssh: Could not resolve hostname xc.cfca.nao.ac.jp: nodename nor servname provided, or not known

と表示される場合には国立天文台のDNS環境に問題が生じている可能性があります。
こういう時には以下のどれかを試してください。

  ssh -Y username [at] xc01.cfca.nao.ac.jp
  ssh -Y username [at] xc02.cfca.nao.ac.jp
  ssh -Y username [at] xc03.cfca.nao.ac.jp
  ssh -Y username [at] xc04.cfca.nao.ac.jp

もしくはIPアドレスの直打ちという手もあります。

  ssh -Y username@133.40.17.11
  ssh -Y username@133.40.17.12
  ssh -Y username@133.40.17.13
  ssh -Y username@133.40.17.14

Q.
コンパイルオプション(-h omp -O0)では OpenMP 並列が有効にならないのか？

A.
-O0オプションを利用すると、-h ompオプションを付けていてもOpenMP指示行は有効になりません。
OpenMP指示行を有効にするには -O1 以上をご利用ください。
なおOpenMP指示行による並列化が行われているか否かについて、
-h msgs オプションを付けるとコンパイル時に標準出力にどのような最適化や並列化が行われたかについてメッセージ出力されます。

Q.
hybridコードの実行時、Intelのshared libraryが見つからずにエラーになります。
コンパイラはIntelのものを使っています。

  ./XC.exe: error while loading shared libraries: libifcore.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
  error while loading shared libraries: libifcore.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

A.
上記のエラーが出力されるのはログインノードで指定した実行環境が計算ノードに引き継がれない事が原因です。
ログインノード上でPrgEnv-intelに変更してプログラムをコンパイルしても、バッチにより計算ノード上でプログラムを実行する際にはデフォルトの環境であるPrgEnv-crayで実行しようとしてしまいます。
PrgEnv-cray以外の環境でプログラムを実行される場合には、バッチスクリプト中で以下のようにmoduleの切り替えをする必要があります。

  source /opt/modules/default/init/{bash/tcsh/csh/...}
  module swap PrgEnv-cray PrgEnv-intel

バッチスクリプトの例は利用の手引き内の「バッチジョブスクリプト例(8) ジョブ内でmoduleコマンドを使用する例」をご参照ください。

Q.
aprun非使用時に実行できるコマンドをaprunの中で実行するとエラーが出る。

A.
Pythonなどのソフトウェアを各自で/home/利用者名/にインストールして、aprunで実行すると、エラーが起こります。XCシステムではユーザがアクセスできるファイルシステムは /home と /work です。
/home はNFSサーバが提供しますが、/work は高速なI/O性能を発揮するよう Luster ファイルシステムで構成されています。
ユーザのインターフェースとなるログインノードは /home と /work の双方をマウントしていますが，
計算用途の計算ノードでは/homeはマウントせず，/workのみをマウントしています．
またXCシステムのプログラムランチャ(aprunコマンド)で起動されたプログラムは，計算ノードで実行されます．
一方でaprunを用いずにプログラムを起動した場合、コードログインノードで実行されます．
ユーザが自分でインストールしたソフトウェアを計算ノードで用いる場合は/home/ユーザ名/ でなく /work/ユーザ名/ 以下にインストールすることで、正常に実行できるようになります．

Q.
write文が出力する一行の長さの制限を変更する方法は？

A.
書式付式付出力の制限は、OPEN文のRECL指定子において

  open(10,FILE=file,FORM='formatted',RECL=54000)

のようにバッファサイズを指定することで、大きなサイズの出力が可能になります。

Q.
コードの一部分のみで最適化レベルを変更するにはどうすれば良いか？

A.
関数の範囲で最適化レベルを変更される場合には、以下の二種の方法が考えられます。

該当関数を個別ファイルとして分割し、そのファイルについてのみ最適化レベルを変更してコンパイルする。
該当関数に対して”#pragma noopt” directiveを挿入し、最適化を無効にする。

上記2.の場合は該当関数に対する最適化の無効をコンパイラに指示するので、全ての自動最適化が無効になってしまいます。
しかしdirectiveを挿入するだけで良く、有効無効の切り替えも簡単に行えます。
詳細はman intro_pragmasとman optをご参照ください。
上記1.の場合は個別ファイルへの切り出しとMakefileの修正が必要になります。
しかし該当関数へのコンパイルオプションを任意に設定出来るので、
結果に影響しない程度の最適化を適用出来る可能性があります。
また個別ファイルにする事で、問題の分析がし易くなり、関数全体ではなく内部の処理レベルで対応をする事が出来るようになるかもしれません。
なおcrayccのコンパイルオプションにて、-h list や -h report 等のオプションをご利用いただく事で、
コードのどの部分にどのような最適化がなされたのかを確認する事が出来ます。

Q.
ジョブを走らせた直後にApplication ... exit codes といったエラーが出る。

A.
以下のようなエラーメッセージ

  Application 1331683 exit codes: 134
  Application 1331683 exit signals: Killed

が出る際は quota の容量制限を超している可能性があります。不要なファイルを削除してから再実行してください。

Q.
XC50で使える各キューの資源量を教えてください。

A.
XC50システムの各項をご参照ください。また、XC50へのログイン後にqlsコマンドで確認が可能です。

Q.
ファイルの自動削除と上位ディレクトリへのアクセスに関する質問です。
一定期間にわたりアクセスおよび属性変更が行われていないファイルは、上位ディレクトリへのアクセス等があったとしても自動削除の対象になるのですか？

A.
はい、なります。XC50システムでは/work/以下に置かれた全てのファイルについて「最終アクセス時刻」および「最終ステータス変更時刻」を読み取り、
そのどちらにも変更がなかったファイルが削除されます。
「最終アクセス時刻」あるいは「最終ステータス変更時刻」のいずれかが変更されているファイルは、削除されません。
最後のアクセス等から削除判定までの期間についてはユーザーズガイドにてご確認ください。
ファイルの更新時刻は以下のコマンドで確認できます。「最終アクセス時刻」は以下：

  ls -lu

「最終ステータス変更時刻」は以下：

  ls -lc

Q.
ファイルの最終アクセス時刻や最終ステータス変更時刻が更新される条件を知りたい。

A.
これはXC50に限ったことではありませんが、最終アクセス時刻はファイルを読み込んだ段階で更新されます。
これはプログラム実行の際にファイルをreadすることも含みます。
openのみの実行や上書きでは更新されません。
最終ステータス変更時刻は、例えば以下の操作により更新されます。

chmodで権限を変更する
ファイルを上書きする
catやviコマンドを使い、ファイルの内容を読み込む

Q.
私のPBSジョブをhold状態にしたい。

A.
以下のコマンド

  qalter -h u job_id

または
qhold -h u job_id
でhold状態へと変更することができます。解除するときは以下を実行します。

  qrls -h u job_id

Q.
投入済みのPBSジョブの実行順を変更したい。

A.
ジョブの依存関係を再設定することにより変更可能です。
たとえばジョブ間の元々の依存関係がafterokの場合は、hold状態で以下を実行します。

  qalter -W depend=afterok:job1_id job2_id ...
  qstat -f job1_id | grep depend

これによりジョブの実行順序がjob1, job2, ...となります。ただし依存関係の条件は変更しないようにご注意ください。

Q.
PBSのkill delayパラメータを指定したい。

A.
一般ユーザがkill_delayに対して持つ権限はreadのみのため、指定することはできません。
また、walltime limitより前の任意の時間を指定してシグナルを送信する、といった機能のコマンドも実装されていません。
ただしシグナルを送信すること自体は、以下のコマンドで行えます。

  qsig [-s signal] job_id

よって、たとえばsleep等を使ってqsigコマンドの実行までの時間を待機させることにより
現時点から何｛秒/分/時間｝後に送信させる、などの対応は可能です。

Q.
ジョブの並列化効率を見積もる際、どの程度の計算資源量を前提とすればよいか？
この数値は利用申請書に記すために必要となるものです。

A.
「計算量の見積もり」として仮定している資源以上での見積もりが望ましいです。
この見積もり算出のためにtestキューを用意しているので、ご利用ください。
募集要項のページにある並列化効率の算出をご参照ください。

Q.
実行時にPlease verify that both the operating system and the processor supportと言われる。

A.
ログインノード上でプログラムが実行されていないかどうかをご確認ください。
実行されていた場合は、パッチジョブとしてください。
Skylake上でしか実行できないフラグが立っているようなとき、
ログインノード上でプログラムを実行するとCPU互換性がないと判断され、エラーになります。
内部設定されているコンパイルオプションは cc -craype-verbose コマンドによりご確認いただけます。

Q.
私の計算に伴って出力されるはずのログファイルが出力されなくなりました。
つい先日までは正常に出力されていましたが、急に出力できなくなったのです。
これは何故でしょうか？なおqstatで見るジョブstatusはRで、正常に見えます。

A.
/work/領域に置かれたファイル総量がsoft limit (8TB)を超過したと思われます。

  xc$ quota
  === /home Quota ===
  Disk quotas for user ******** (uid ****):
       Filesystem  blocks   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
  133.40.17.21:/home
                13698124  20000000 50000000           26664       0       0
  
  === /work Quota ===
  Disk quotas for user ******** (uid ****):
       Filesystem  kbytes   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
          /work 8466700964* 8192000000 10240000000    none  609020       0       0       -

上記のうち/workについての記載の意味は以下です。左から

使用容量 (kbytes)
soft limit
hard limit
soft limitを超えてからの猶予日数
:

これより右側はファイル数についての情報ですが、XC50では制限をかけていませんので説明は略します。
上記で特筆すべきは、kbytes 欄の数値の右にアスタリスク *が付いており、soft limitを超過していることです。
また soft limitを超えてからの猶予日数が数値でなく none になっており、既に猶予日数が無いことが示されています。

上記に直接の表示はされませんが
soft limit を過ぎてもデータを書き込める猶予期間(grace period)はこのシステムでは 7 日間です。
それを過ぎると/work/への書き込みが行えなくなり、上記ではこれが発生しています。
不要なファイルを削除して/work/領域の使用容量をlimit以下にして頂き、
改めてジョブを投入し、ログやデータ出力が正常であることを見てください。

GRAPEシステムに関する質問

Q.
GRAPE-DRで4コアを使って並列計算し、各々のコアに1チップのGRAPE-DRを割り当てる事は可能か？
(GRAPE-DR:2011-04-08)

A.
各コアにチップを割り当てる計算は可能です。特定のチップのみを使用する方法は大きく分けて2つあります。
まず1つのプロセスからOpenMPなどで個別のチップを制御する場合は

  void g5_openMC(int devid);

のようにチップを指定するMC関数群があります。使用可能な関数はインクルードファイルをご覧下さい。
また、1つのプロセスから指定のチップを1つ使う場合は、MCではない通常の関数群を使用して、
環境変数GDEVICEで使用するチップを指定する方法があります。例えば4チップ使う場合は

  GDEVICE="0 1 2 3"

によってチップ0から3までの4チップ全て使用します。もし0, 1の2チップのみを使う場合は

  GDEVICE="0 1"

とします。

Q.
GRAPE-DRでの計算時間がmicro GRAPE使用時より長くなってしまう。
(GRAPE-DR:2011-04-08)

A.
プログラムの高速化はご使用のコードに依存します。
micro GRAPEよりも遅くなるとのことですが、通信速度が原因となっている可能性があります。
粒子数が少ない場合はDRの使用チップ数(デフォルトでは最大の4チップ)を少なくすると改善する場合があります。

Q.
計算中incorrect ack 1というメッセージが出る。
(GRAPE-DR:2013-01-18)

A.
incorrect ack 1というメッセージは温度測定のICとの通信に失敗したときに表示されます。
プログラムが異常終了しなければretryして成功していますので、問題ありません。

Q.
g6calc_first_allでsegmentation faultが発生する。
(GRAPE-DR:2013-01-18)

A.
g6calc_firsthalf_all で渡す配列はポインタの後にnpipe 個(256個）のデータが存在していることが必要です。
これより小さい配列を渡した場合はエラーが発生する場合があります。

Q.
g++でhibdrv.hをincludeするとコンパイルエラーが発生する。
(GRAPE-DR:2013-01-18)

A.
hibdrv.hはC言語を前提に作られており現状では、g++でコンパイルできません。
ただGRAPE-5, GRAPE-6の互換関数のみを使っている場合はhibdrv.hのインクルードは不要です。
hibdrv.hを使わなくても動くことを確認してください。

Q.
GRAPE-DRのg6互換ライブラリは、set_j_particleを呼び出す度にDRと通信をして粒子を送っているか？
(GRAPE-DR:2013-09-05)

A.
はい、その通りです。

Q.
torqueからqsubするコードはmuv01.cfca.nao.ac.jp上でコンパイルしても大丈夫か?
(GRAPE-DR:2013-09-05)

A.
はい。muv01.cfca.nao.ac.jp上でコンパイルして問題ありません。
gdr-07などの計算ノード上でコンパイルする必要はありません。

Q.
GRAPE-DRには近傍粒子リストが無いそうだが、今後実装する予定はあるのか？
(GRAPE-DR:2013-09-05)

A.
GRAPE-DRでは近傍粒子リストを貯めておくメモリが無いため、
GRAPE-6と同様の近傍粒子探索を実装するのは事実上不可能であるとの回答がKFCR社よりありました。
そのため、近傍粒子リストの実装の予定はありません。

Q.
i粒子とj粒子に同じ位置の情報を送り、softening parameterを設定しなければnanが返る筈。だがnanでは無い数値が戻る
(GRAPE-DR:2013-09-05)

A.
g5_calculate...関数でi粒子とj粒子に同じ粒子の情報を設定し、
ソフトニングパラメーターを設定せずに重力を計算すると、
自分自身からの重力を計算しようします。よって関数は非数値 nan を返します。
けれども現在のライブラリでは、一度入力したソフトニングの値は電源が切れるまで保持されます。
そのため、close, open したあとは全ての値を設定しなおすことが望まれます。

Q.
g6calc_lasthalf2_allの動作が不安定だが、どうすれば良いか？
(GRAPE-DR:2014-05-14)

A.
粒子数が変化した際に g6calc_lasthalf2_all の動作が不安定になる現象が発生することがあります。
粒子数が変化した後 g6_clase_all と g6_open_all を呼ぶことで、この現象を回避できる可能性があります。

Q.
GRAPE-DRのカットオフ機能が働いていないようだが、どうすれば良いか？
(GRAPE-DR:2015-06-03)

A.
g5_open()の直後に以下の記載を置いてください。

  g5_set_cutoff_table(NULL, 0.0, 0.0, NULL, 0.0, 0.0);

この関数は GRAPE-9 では無効にしているのですが、GRAPE-DR に限っては使用しています。
引数はすべて dummy で結構です。

計算サーバに関する質問

Q.
計算サーバ上でiSALEは使えますか？

A.
使えます。が、誰もが使える訳ではありません。
iSALEの利用には幾つかの条件があります。詳細はiSALE users group in Japan wikiをご覧ください。
iSALE自体に関する問い合わせは上記のiSALE users group in Japanへお願いします。
計算サーバの問題と思われる場合には本プロジェクトの各種問い合わせへご連絡ください。
毎年夏にはiSALEの講習会も開催されています。こちらへの参加もご検討ください。

Q.
計算サーバ上でintel MKL (Math Kernel Library)は使えますか？

A.
使えます。リンク時にオプション-mklを指定してください。

Q.
計算サーバ上でPython 3系は使えますか？

A.
使えます。moduleコマンドを使ってください。

  module load anaconda/3

なおpySALEPlotはPython 2系にしか対応していません。使い分けを工夫してください。

Q.
(About Python) conda or pip does not work on m000.
Anaconda's conda and python's pip seem both available on GP-PC,
but both creating an environment ("conda create --name myenv") and
searching a package on pip ("pip search amuse") end up with an error:

Failed to establish a new connection.

Is there any way to install them on the GP-PC cluster? I also need cmake.

A.
You cannot connect external servers through pip or conda. This is due to the restriction imposed by NAOJ's firewall, and
we apologize for the inconvenience. You can, however, install the packages on your own user environment as follows:

Install Anaconda in your own home directory.
- (1) Get the 64-bit installer of Anaconda from https://www.continuum.io/
- (2) If you use bash, you can install Anaconda as follows:
  % bash Anaoconda3-X.X.X-Linux-x86_64.sh
Get the files of the packages you want (at your localhost). For instance, you find cmake and amuse here:
- https://anaconda.org/anaconda/cmake
- https://pypi.org/project/amuse/#files
Send the package files to your home directory on m000 by scp.
Install the packages using conda or pip. For example, you can install cmake as:
```
% conda install ./cmake-3.X.X-XXXXXXX.tar.bz2
```
As for amuse, check out this web site for details of installation.
Note that the dependencies of installed packages will not be resolved in the above manner.
Therefore you should manually install additionally required packages.
Confirm that the packages have been installed correctly as follows:
```
% conda list cmake
```

Q.
/mwork{0,3}/は以前あった/mwork2/に比べてだいぶ速いようです。何が違うのですか？

A.
その通りです。特に小さなファイルを多数書き込む場合、/mwork{0,3}/への書き込み速度は/mwork2/へのそれよりずっと高いです。
特に/mwork0/は高速であり、最高250 MB/sの書き込み速度が計測されています(/mwork3/での最高測定値は160 MB/s)。
これは/mwork2/が月並みなハードウェアRAIDカードを使ったxfsのRAID機材(CentOS 7)だったのに対し、
/mwork{0,3}/はFreeBSDのZFSファイルシステム(raidz2)にssdによるキャッシュ機能を与えたものだからです。
中でも/mwork0/は新しいHDD 10本から構成されており、やや古いHDD 5本から成る/mwork3/より高速です。
小さなファイルを多数書き込む利用者はその速度を体感するでしょう。

Q.
作業用ディレクトリ/mwork{0,3}/にはquota制限は掛かっていますか？

A.
はい、掛かっています。マニュアルを御覧ください。
但し平成31年4月1日時点ではquota溢れが発生しても利用者には電子メールなどでの警告は届きません。
この下にあるQ＆A「quotaコマンドを使っても/mwork0/と/mwork3/について情報が現れません」を併わせてお読みください。

Q.
/mwork0/に書き込もうとしたら「ディスク使用量制限を超過しました.」と言われました。
以下のような表示が出ます。

   0.000000e+00cho something > /mwork0/output.txt
  /mwork0/output.txt: ディスク使用量制限を超過しました.

何が起こっており、私はどう対処すれば良いでしょうか？

A.
これは/mwork0/ファイルシステムのquota制限に抵触したためです。
試しに環境変数 LANG を C へ変更すると、より直截なメッセージが出ます。

  % env LANG=C echo something > /mwork0/output.txt
  /mwork0/output.txt: Disk quota exceeded.

/mwork0のみならず/mwork3でも同じメッセージが出ます。不要なファイルを削除または移動してください。
また、この下にあるQ＆A「quotaコマンドを使っても/mwork0/と/mwork3/について情報が現れません」も併わせてお読みください。

Q.
quotaコマンドを使っても/mwork0/と/mwork3/について情報が現れません。

A.
/mwork0/と/mwork3/を提供するnfsサーバ(FreeBSD)はm000 (CentOS)とOSが異なるため、
現時点ではquota状況を即時に表示するコマンドが未だありません。
代替として全利用者のquota状況を記したファイル/mwork0/userspace.txtと/mwork3/userspace.txt が準備されており、
これらは60分に1度の頻度で更新されています。このファイルをcatするか、以下のようにしてください。

  grep `whoami` /mwork{0,3}/userspace.txt

すると以下の例のようにご自分の利用状況(右から二欄目の数値)およびquota上限値(右端欄の数値)が表示されます。

  /mwork0/userspace.txt:POSIX User itootk 6.63T 24T
  /mwork3/userspace.txt:POSIX User itootk 8.96G  4T

Q.
解析サーバから作業領域/mwork0/と/mwork3/を見ることはできますか？

A.
はい、できます。/misc/mwork{0,3}/ となりますのでお使いください。

Q.
m000からXC50の作業領域(/xc-work)が見えなくなりました。
以前は/misc/xc-workとして見えていた気がしますが、平成31年1月現在は見えません。これは何故でしょう？

A.
本件ではご不便をお掛けしております。
はい、このマウントは平成30年12月の保守作業をもって一旦停止されました。
背景は以下です。平成31年1月現在、水沢-大手町間を繋ぐ高速ネットワーク回線が
残念ながら本来の働きをしておらず、私達の期待に沿った動作が実現しておりません。
そのために計算サーバが設置されている国立天文台三鷹地区と
Cray XC50が設置されている水沢VLBI観測所の接続が時折り不安定化し、
且つそれへの対処は場当たり的なものしか行われていないのが現状です。
よって管理者側としては三鷹-水沢を跨ぐ機器依存性を少しでも減らすべく
m000からXC50 (/xc-work)へのマウントを外しました。ご理解を頂ければ幸いです。
但し解析サーバ(an系機器)からは依然として/xc-workがマウントされており、
従ってm000から/xc-workをマウントしても大勢に影響無いという考えにも一理ございます。
この点についてはプロジェクト内で精査中であり、検討の結果如何では
m000から/xc-workへのマウントを復活させる可能性もございます。今しばらくお待ちください。

Q.
作業領域/mwork1/はいつ復活するのでしょうか？

A.
本件では利用者各位へ大きなご迷惑をお掛けしております。
/mwork1/は平成29年末に発生した機器故障からの復旧が遅れており、一般供用開始の目途は未だ立っておりません。
利用者各位には御不便をお掛けいたしますが、暫くは/mwork{0,3}/を御利用ください。

Q.
ジョブをqsubしたら以下のエラーが出、正常に投入できません。

  qsub: submit error (Bad UID for job execution MSG=User XXXXXX does not exist in server password file)

A.
計算ノードとサーバ側の通信が一時的に途切れたものと予想されます。やや時間を置いてから再びqsubしてみてください。
何度か試行しても状況が改善しない場合は本プロジェクトの問い合わせウェブページを経由してお問い合わせください。

Q.
PBSスクリプトを実行してもジョブが投入されず、エラーメッセージも出ません。

A.
PBSスクリプトの書き間違えが考えられます。
例えば以下のようにオプション-Nの引数に空白(スペース)が含まれるとジョブ投入は為されません。これはPBSの仕様です。

  #PBS -N cfca test job

詳しくはman pbsをご覧になり、qsubのオプション詳細をお調べください。

Q.
iSALE関係のファイルを受け取りましたが、幾つかが消えました。
私はiSALE利用者なのでファイルiSALE-Dellen.zipを受け取り、
それを展開して/mwork0/の私のディレクトリに置いていました。
すると、今朝になって多くのファイルが消えていることが分かりました。これは何故でしょう？

A.
これは配布されたiSALE関係のファイルの最終アクセス日付が
/mwork0/の定期ファイル削除(atime +120)に抵触したからと予想されます。
配布されたファイル iSALE-Dellen.zip は以下だと思われます。

  m000% ls -l
  合計 3292
  -rw------- 1 root root 3367828  1月 17 09:38 iSALE-Dellen.zip

このzipファイルを展開すると以下のようなファイルが現れるはずです。
以下にある日付はファイルの最終アクセス日付(atime)です。

  m000% ls -lutrR iSALE-Dellen
  iSALE-Dellen:
  合計 4140
  -rw------- 1 root root  144194  7月 21 03:15 parameters.db
  -rw------- 1 root root    1926  7月 21 03:15 material.inp
  -rwx------ 1 root root 1504283  7月 21 03:15 iSALE2D
  -rw------- 1 root root    4610  7月 21 03:15 asteroid.inp
  -rw------- 1 root root    4940  7月 21 03:56 psp_setupPlots.py
  -rw------- 1 root root     756  7月 23 12:54 isale.pbs
  -rw------- 1 root root   48205  7月 23 19:10 pySALEPlot.pyc
  -rw------- 1 root root   67253  7月 23 19:10 pySALEPlot.py
  -rwx------ 1 root root  381143  7月 23 19:10 libpsp.so
  -rw------- 1 root root    1234  7月 23 19:15 R_TrP.py
  -rw------- 1 root root    1201  7月 23 19:16 tracer.py
  -rw------- 1 root root    1260  7月 23 19:17 profile.py
  -rw------- 1 root root    2655  7月 30 07:11 plot.py
  -rw------- 1 root root    2471  7月 30 07:13 DenTmp.py
  drwx------ 2 root root    4096  7月 30 07:15 eos
  
  iSALE-Dellen/eos:
  合計 9068
  -rw------- 1 root root  446667  7月 21 03:15 granit1.aneos
  -rw------- 1 root root 5544808  7月 21 03:56 h2o_ice.aneos
  -rw------- 1 root root    3748  7月 21 03:56 granitm.input
  -rw------- 1 root root    1172  7月 21 03:56 granite.tillo
  -rw------- 1 root root    3593  7月 21 03:56 granite.input
  -rw------- 1 root root  446704  7月 21 03:56 granit2.aneos
  -rw------- 1 root root    1284  7月 21 03:56 gabbro1.tillo
  -rw------- 1 root root    4009  7月 21 03:56 forstrm.input
  -rw------- 1 root root    3791  7月 21 03:56 fayaltm.input
  -rw------- 1 root root    3917  7月 21 03:56 dunite_.input
  -rw------- 1 root root  446681  7月 21 03:56 dunite_.aneos
  -rw------- 1 root root    2731  7月 21 03:56 calcite.input
  -rw------- 1 root root  446696  7月 21 03:56 calcite.aneos
  -rw------- 1 root root    3690  7月 21 03:56 basaltm.input
  -rw------- 1 root root    1050  7月 21 03:56 basalt_.tillo
  -rw------- 1 root root  441233  7月 21 03:56 basalt_.aneos
  -rw------- 1 root root    1114  7月 21 03:56 aluminu.tillo
  -rw------- 1 root root    1168  7月 21 03:56 wettuff.tillo
  -rw------- 1 root root    1088  7月 21 03:56 water__.tillo
  -rw------- 1 root root  446706  7月 21 03:56 water__.aneos
  -rw------- 1 root root  446729  7月 21 03:56 quarzit.aneos
  -rw------- 1 root root    5321  7月 21 03:56 quartzm.input
  -rw------- 1 root root    5216  7月 21 03:56 quartz_.input
  -rw------- 1 root root    1093  7月 21 03:56 pyrex__.tillo
  -rw------- 1 root root    1111  7月 21 03:56 polyeth.tillo
  -rw------- 1 root root     776  7月 21 03:56 perfgas.tillo
  -rw------- 1 root root    1002  7月 21 03:56 miesand.tillo
  -rw------- 1 root root    1175  7月 21 03:56 limesto.tillo
  -rw------- 1 root root    1109  7月 21 03:56 iron___.tillo
  -rw------- 1 root root  446656  7月 21 03:56 iron___.aneos
  -rw------- 1 root root    1357  7月 21 03:56 iceb___.tillo
  -rw------- 1 root root    1025  7月 21 03:56 ice____.tillo
  -rw------- 1 root root    3265  7月 21 03:56 ice____.input
  -rw------- 1 root root    1122  7月 21 03:56 fuseqtz.tillo
  -rw------- 1 root root    1170  7月 21 03:56 drytuff.tillo
  -rw------- 1 root root     785  7月 21 03:56 dry_air.tillo

ご覧のように、各ファイルのatimeは現在より120日以上前のものです(上記の「7月」とは2018年7月のことです)。
この場合、上記ファイルを計算サーバの作業領域 /mwork{0,3}/ に置いて使うと
毎日定時のファイル削除ルーチンに引っ掛かり、ファイルが削除されてしまいます。
これを避けるためには必要なファイルにアクセスしてatimeを更新するか、
もしくは定期的に削除されない/home/以下の領域にファイルを置いてください。

Q.
PBSジョブ終了後に Post job file processing error と言われました。
具体的には、PBSジョブ終了後の通知メール内に以下が記されていました

Date: Thu, 1 Nov 2018 12:36:42 +0900
From: adm adm [at] m000.cfca.nao.ac.jp>
Subject: PBS JOB 374683.m000.cfca.nao.ac.jp
  
PBS Job Id: 374683.m000.cfca.nao.ac.jp
Job Name:   bcn0839
Post job file processing error; job 374683.m000.cfca.nao.ac.jp on host m097

これは何を意味しているでしょうか？なお計算結果の出力は正常なようです。

A.
詳細を知るため、当該計算ノード上でこのジョブに関するログを探してみました。以下が該当します。

20181024:10/24/2018 14:40:59;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Started, pid = 1516
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;task 00000001 terminated
20181101:11/01/2018 12:36:09;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Terminated
20181101:11/01/2018 12:36:09;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;task 00000001 cput=186:34:43
20181101:11/01/2018 12:36:09;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;kill_job
20181101:11/01/2018 12:36:09;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;m097 cput=186:34:43 mem=14544kb
20181101:11/01/2018 12:36:09;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;no active tasks
20181101:11/01/2018 12:36:09;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Obit sent
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;copy file request received
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=1
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=2
20181101:11/01/2018 12:36:20;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=3
20181101:11/01/2018 12:36:20;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=4
20181101:11/01/2018 12:36:41;0004;pbs_mom;Fil;374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU;
  Unable to copy file /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU to m000:/mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out
20181101:11/01/2018 12:36:41;0004;pbs_mom;Fil;374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU;
  /bin/cp: cannot create regular file '/mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out': Permission denied
20181101:11/01/2018 12:36:42;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Job files not copied: 
20181101:Unable to copy file /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU to m000:/mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out
20181101:Output retained on that host in: /var/spool/pbs/undelivered/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU
20181101:11/01/2018 12:36:42;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;staged 2 items out over 0:00:33
20181101:11/01/2018 12:36:42;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;no active tasks
20181101:11/01/2018 12:36:42;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Obit sent
20181101:11/01/2018 12:36:42;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;delete job request received
20181101:11/01/2018 12:36:42;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;kill_job
20181101:11/01/2018 12:36:42;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;delete job request received

これによれば、このPBSジョブは正常に終了したものの標準出力を利用者指定のファイル
/mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out に書き出そうとし、失敗しています。失敗の理由は

/mwork3/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out': Permission denied

とあります。よっておそらく Log.out というファイルが既に存在し、
しかもそのパーミッションが 000 といったPBSのデーモンが書き込み不可の状況にあったのでしょう。
こうした既存のファイルを削除しておけば今回のエラーは出なかったと思われます。
なお上記のログにあるように、書き出しに失敗した標準出力の内容はファイル

/var/spool/pbs/undelivered/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU

として計算ノード側に保持されています。
もしもこのファイルを御所望の場合には本プロジェクトにご連絡を頂ければ、手動で発掘してお渡しすることは不可能ではありません。

Q.
計算サーバで一遍に数千個のファイルを開こうとしたらエラーになりました。
何故でしょうか？

A.
これはOS (CentOS)による制限です。以下のようにして確認できます。

/bin/csh, /bin/tcsh, /bin/zsh の場合

  $ limit descriptors
  descriptors 1024

/bin/sh, /bin/bash, /bin/zsh の場合
```
  $ ulimit -n
  1024
```

上記のようにOSの制限があり、1024個以上のファイルを同時に開くことは出来ません。

Q.
You are exceeding your allocated disk space limits って何ですか？
先ほど root [at] m000.cfca.nao.ac.jp から以下のメールが届きました。これは何を意味しており、どう対処すれば良いでしょう？

  From: root [at] m000.cfca.nao.ac.jp
  To: XXXXXX [at] m000.cfca.nao.ac.jp
  Subject: NOTE: You are exceeding your allocated disk space limits
  
  Your disk usage has exceeded the agreed limits on this server
  Please delete any unnecessary files on following filesystems:
  
  Home directory (/dev/sdb1)
  
                          Block limits               File limits
  Filesystem           used    soft    hard  grace    used  soft  hard  grace
  /dev/sdb1      +-  19532M  19043M  19532M   none   44706     0     0

A.
これはあなたのホームディレクトリ上のデータサイズが quota 制限値を超えたことを意味します。不要なファイルを削除してください。

Q.
m000.cfca.nao.ac.jp にssh接続すると以下のエラーが出、ログインできません。

  @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
  @    WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!     @
  @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
  IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY!
  Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)!
  It is also possible that the RSA host key has just been changed.
  The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is
  XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX:XX.
  Please contact your system administrator.
  Add correct host key in /home/****/.ssh/known_hosts to get rid of this message.
  Offending key in /home/****/.ssh/known_hosts:9
  RSA host key for m000.cfca.nao.ac.jp has changed and you have requested strict checking.
  Host key verification failed.

A.
お使いの環境のホームディレクトリに ~/.ssh/known_hosts というファイルがあると思います。
そのファイルをエディタで開き、 m000.cfca.nao.ac.jp あるいは m000 から始まる行を削除してください。
または以下のコマンドが使えるでしょう。

% ssh-keygen -R m000.cfca.nao.ac.jp
/home/user/.ssh/known_hosts updated.
Original contents retained as /home/user/.ssh/known_hosts.old

その後に再び m000.cfca.nao.ac.jp に ssh してください。
ログイン前に何らかの質問をされたら yes と回答します。
この現象はm000に限らず普遍的に発生する現象なので、
Googleなどで検索しても多数の情報が得られます。

Q.
計算サーバでは利用者データのバックアップは取っていないのでしょうか？

A.
取っていません。データの保全には利用者各位が御自身で責任をお持ち頂ください。

Q.
m000.cfca.nao.ac.jp に $HOME/.emacs の雛型はありますか？

A.
はい。/etc/skel/.emacs があります。但しご覧のように中身はほぼ空です。

Q.
PBSジョブ投入時にジョブの最大CPU時間や経過時間を指定する方法を教えてください。

A.
qsubのオプション -l keyword=value で指定が可能です。-l オプションはジョブのリソース要求を指定するもので、指定できる keyword の代表には以下があります。

  cput     ジョブによって使用されるCPU時間の最大値 (単位: time)
  file     ファイルを作成する際のサイズ制限 (単位: size)
  mem      最大物理メモリ容量 (単位: size)
  ncpus    要求されたプロセッサ(コア)数
  pcput    ジョブ内の一つのプロセスに割り当てられる最大CPU時間 (単位: time)
  pmem     ジョブ内の一つのプロセスで使用される最大物理メモリ容量 (単位: size)
  pvmem    ジョブ内のすべての同時プロセスで使用される最大仮想メモリ容量 (単位: size)
  vmem     ジョブ内のすべての同時プロセスで使用される最大仮想メモリ容量 (単位: size)
  walltime ジョブが実行状態にある場合の実際の時間（経過時間）の最大値 (単位: time)

cputなどを指定する場合、時間(上記のtime)は秒数(整数値)もしくは次の形式で指定します。

  [[hours:]minutes:]seconds[.milliseconds]

fileやmemを指定する場合、サイズ(上記のsize)は以下のsuffixを用いて指定してください。

  b またはw  : バイトまたはワード
  kbまたはkw : キロバイトまたはキロワード
  mbまたはmw : メガバイトまたはメガワード
  gbまたはgw : ギガバイトまたはギガワード

例えば以下のような指定が出来ます。

  qsub -q long -l cput=765:43:21 -l pmem=321mb スクリプト

ここで qstat -f コマンドを投入すると、
当該リソースが指定された値を持っていることが分かるでしょう。

  qstat -f 上記のジョブID
    Resource_List.cput = 765:43:21
    Resource_List.pmem = 321mb

更に詳しい情報についてはPBS関係のドキュメントをお読みください。

Q.
大きなファイルの消し方が分かりません。
ひょんな事から非常に大きなサイズのファイルを作ってしまい、ディスク領域を圧迫し始めました。これを rm コマンドで消そうとしましたが消せません。どうすれば良いでしょうか？

A.
当該ファイルを同名の小サイズのファイルで上書きする、もしくは以下のコマンドを実行してください。

  echo "" > 当該ファイル

もしくは以下です。

  cat /dev/null > 当該ファイル

いずれにせよそれなりの時間が掛かります。

Q.
/home/の上以外に、私のファイルが削除されないディレクトリはありませんか？

A.
ありません。

Q.
作業用ディレクトリ/mwork{0,3}/に置いたディレクトリはどう扱われますか？
やはり一定期間で削除されるのでしょうか？

A.
ディレクトリは自動的には削除されません。但しディレクトリ内にあるファイルは削除されますので、しばらくすると空のディレクトリがたくさん残されることになります。
作業領域にそういうものを多く残さないでください。

Q.
qdelを用いてジョブ削除しようとしましたが、消えません。

A.
計算ノードとの通信状況が悪い時にこれが発生することがあります。qdelにオプション -W force を付けて実行してみてください。

  qdel -W force ジョブID ...

オプション -W force の意味は "Deletes the job whether or not the job' execution host is reachable." です。詳しくは man qdel を参照してください。なお上記のオプションを付けてもジョブをqdelできない場合にはジョブに何らかの障害が発生している可能性があります。その場合はこのページから報告をお願いします。

Q.
同時に存在できるサブディレクトリ数に上限はあるでしょうか？
あるディレクトリ下に多数のサブディレクトリを作っていたら(mkdir)、或る時点から以下のようなエラーが出てディレクトリを作製できなくなりました。

  mkdir: ディレクトリ `XXXX/YYYY/ZZZZ' を作成できません: リンクが多すぎます

このメッセージは何を意味しているのでしょうか？
ちなみにサブディレクトリの総数は32000個ほどになっています。

A.
Linux kernel によるディレクトリ数の制限に抵触しているものと思われます。
kernel のソースコード内に以下のような記載があり、
単一ディレクトリ内に作製できるサブディレクトリ数の上限値が設定されています。

  #define EXT2_LINK_MAX 32000
  #define EXT3_LINK_MAX 32000

当該ディレクトリにはこれ以上のサブディレクトリは作れませんので、
サブディレクトリ群の削除または移動をお願いします。

Q.
TearTermを使ってm000へアクセスしようとしていますが、接続できません。

A.
以下の手順を試してください。以下のすべてを試しても接続できない場合には、詳しい状況とエラーメッセージを添えて再びご連絡ください。

そちらの機材でVPNは正しく動作していますか？
Windowsのコマンドプロンプトからipconfig /allと打ちこみ、その結果を確認します。
あなたのTearTermはsshをサポートしていますか？
こちらのページにある UTF-8 TeraTerm Pro with ttssh2 を利用してsshで接続している場合は問題ありませんが、TeraTerm のみではssh接続できません。UTF-8 TeraTerm Pro with ttssh2をインストールしてください。
チャレンジレスポンス認証を使っていませんか？
これを使うように設定されている場合はチェックボックスをoffにして、使用しないようにしてください。こちらを見ればわかりますが、okボタンのすぐ上にあります。
m000以外のマシンへはアクセスできますか？
VPNにもTeraTermの設定にも問題がない場合はm000以外のマシン、例えば解析サーバ群(an.cfca.nao.ac.jp など)にアクセスを試みてください。

Q.
m000上でghostscriptの絵窓が出ません。
以下のようにしましたが、エラーは出ないものの肝心の絵窓が開きません。

  gs example.ps

A.
オプション -sDEVICE=x11 を付けて実行してみてください。

  gs -sDEVICE=x11 example.ps

Q.
PBSスクリプトの中でPBS環境変数がどういう値なのかを知りたいです。
どのようにすれば一覧を表示できるでしょうか？

A.
PBSスクリプトをcsh文法で記しているならば以下のような方法があります。
なお幾つかのPBS環境変数にはデフォルト値が設定されていません。

  set pbsvariables = (\ 
    NCPUS \ 
    OMP_NUM_THREADS \ 
    PBS_ARRAY_ID \ 
    PBS_ARRAY_INDEX \ 
    PBS_ENVIRONMENT \ 
    PBS_JOBCOOKIE \ 
    PBS_JOBID \ 
    PBS_JOBNAME \ 
    PBS_MOMPORT \ 
    PBS_NODEFILE \ 
    PBS_NODENUM \ 
    PBS_O_HOME \ 
    PBS_O_HOST \ 
    PBS_O_LANG \ 
    PBS_O_LOGNAME \ 
    PBS_O_MAIL \ 
    PBS_O_PATH \ 
    PBS_O_QUEUE \ 
    PBS_O_SHELL \ 
    PBS_O_SYSTEM \ 
    PBS_O_TZ \ 
    PBS_O_WORKDIR \ 
    PBS_QUEUE \ 
    PBS_TASKNUM \ 
    TMPDIR \ 
  ) 
  foreach pbsvar ($pbsvariables[*]) 
    if (`eval echo '$'${pbsvar}` == '') then 
      echo "$pbsvar is not defined" 
    else 
      eval echo $pbsvar='$'${pbsvar} 
    endif 
  end

Q.
標準出力ファイルと標準エラー出力ファイルの中身が分かりません。
PBSスクリプトを投入したら、標準出力ファイル file.oXXXX と標準エラー出力ファイルfile.eXXXX にそれぞれ以下のメッセージが出力されました。
標準出力ファイル file.oXXXX の内容は以下です。

  Warning: no access to tty (Bad file descriptor).
  Thus no job control in this shell.

標準エラー出力ファイル file.eXXXX の内容は以下です。

  stty: standard input: Invalid argument

これらは何を意味しているのでしょうか？実害はあるのでしょうか？

A.
ログインシェルにcshまたはtcshが使われているとこのメッセージが出力されることがありますが、計算の実行に実害はありません。

Q.
私のPBSジョブの経過時間(walltime)に比べてCPU時間(cputime)が短いようです。
これは何故でしょうか？なお下記のqstat -fの結果は一部のみ抜粋して記載しています。

  $ qstat -f 562
  Job Id: 562.m000.cfca.nao.ac.jp
    resources_used.cput = 03:52:54
    resources_used.walltime = 68:57:58
    exec_host = m004/0

A.
主に以下の二つの可能性が考えられるでしょう。

このジョブに伴うファイル入出力にとても時間が掛かっている。御自分のジョブが不必要なファイル入出力を行伴っていないかどうかをご確認ください。
計算ノード(上記の場合にはm004)に障害が発生している。こちらが疑われる場合には、誠にお手数ですがこのページから詳細の報告をお願いします。

なお計算ノードの障害の場合には当該 PBS ジョブを強制終了する必要が高いことを予め御了承ください。

Q.
m000からPBSジョブをqsubしましたが、以下のエラーが出力されてジョブが走りません。

  stty: standard input: Invalid argument
  forrtl: severe (174): SIGSEGV, possible program stack overflow occurred.
  Program requirements exceed current stacksize resource limit.
  Superusers may try increasing this resource by 'limit stacksize xxx',
  where xxx is unlimited or something larger than your current limit.
  Other users should contact your system administrator for help.

A.
このエラーはstacksize上限を解除すると回避できることがあります。
cshやtcshの場合には以下のようにしてください。

  unlimit

shや bashの場合には以下のようにしてください。

  ulimit -s unlimited

PBSスクリプト内では以下のようにして上限解除の指定を追加してください。

  #!/bin/sh
  #PBS -r y
  #PBS -m ae
  #PBS -q long
  #PBS -l nodes=1
  
  # This job's working directory
  echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
  cd $PBS_O_WORKDIR
  echo Running on host `hostname`
  echo Time is `date`
  echo Directory is `pwd`
    
  # Run your executable
  ulimit -s unlimited		# ★ここに追加
  ./a.out

Q.
m000からPBSジョブを投入すると、以下のエラーが出てジョブが終了します。
9391というエラー番号は何を意味しているのでしょうか？

  /var/spool/PBS/mom_priv/jobs/211.m000.SC: line 20:  9391 強制終了

A.
エラー番号9391は、実行されたジョブの仮想メモリ領域へのダイナミックメモリ割り当て要求が制限を越えたため、割り当てできずにカーネルがそのジョブを強制終了させたという意味です。つまりジョブが仮想メモリ領域を使い切り、プロセスが停止したということです。これを解決するには、仮想メモリ制限内で動作するように扱うジョブが扱うデータを小さくする以外に方法はありません。

Q.
m000でman -wを実行すると以下のメッセージが出力され、manpathが表示されません。

  What manual page do you want?

A.
"man -w コマンド名"として使用してください。例えば以下です。

  $ man -w man
  /usr/share/man/man1/man.1.gz

Q.
ある特定のジョブが終わってから次の特定のジョブが走るqsubオプションを教えてください。

A.
"-W depend=afterok:ジョブID" オプションを使用してください。

  qsub -W depend=afterok:244.m000 JOB_B

これにより、JOB_A が終了した後に JOB_B が走り出します。

  Job id           Name             User             Time Use S Queue
  ---------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
  244.m000         JOB_A            user             00:00:09 R short
  245.m000         JOB_B            user             00:00:00 H short
  246.m000         JOB_C            user             00:00:00 R short

上記の他にafterng, afteranyも使えます。マニュアルを御覧ください。

Q.
自分が過去に実行したPBSジョブの情報を見ることはできるでしょうか？

A.
できます。tracejobコマンドをご利用ください。
tracejobをオプションなしで実行すると、当日のログファイルからジョブに関するログを出力します。当日にログをはき出していなければ何も表示されません。
その場合には -n オプションで過去何日分のログファイルを検索するか指定すると情報が得られます。
例えば30日前に投入したジョブ(job id = 11999)を検索する場合に、オプションなしでは何も表示されません。
過去30日分のログファイルを検索対象に指定します。

  $ tracejob -n 30 11999
    
  Job: 11999.m000
    
  11/22/2005 10:36:53  S    Job Queued at request of user [at] m000.cfca.nao.ac.jp,
                            owner = user [at] m000.cfca.nao.ac.jp, job name = test.sh,
                            queue = short
  11/22/2005 10:36:53  S    Job Modified at request of
                            Scheduler [at] m000.cfca.nao.ac.jp
  11/22/2005 10:36:53  S    enqueuing into short, state 1 hop 1
  11/22/2005 10:36:53  A    queue=short
  11/22/2005 13:26:53  L    Server job limit reached
  11/22/2005 13:35:27  L    Considering job to run
  11/22/2005 13:35:27  S    Job Modified at request of
                            Scheduler [at] m000.cfca.nao.ac.jp
  11/22/2005 13:35:27  S    Job Run at request of Scheduler [at] m000.cfca.nao.ac.jp
                            on hosts m004
  11/22/2005 13:35:28  L    Job run
  11/22/2005 13:35:28  A    user=user group=naocc jobname=test.sh queue=short
                            ctime=1132623413 qtime=1132623413 etime=1132623413
                            start=1132634128 exec_host=m004/0
                            Resource_List.cput=00:30:00 Resource_List.ncpus=1
                            Resource_List.neednodes=1 Resource_List.nodect=1
                            Resource_List.nodes=1
  11/22/2005 13:39:28  S    Obit received
  11/22/2005 13:39:28  S    Exit_status=0 resources_used.cpupercent=8
                            resources_used.cput=00:00:28 resources_used.mem=4324kb
                            resources_used.ncpus=1 resources_used.vmem=21992kb
                            resources_used.walltime=00:03:59
  11/22/2005 13:39:28  A    user=user group=naocc jobname=test.sh queue=short
                            ctime=1132623413 qtime=1132623413 etime=1132623413
                            start=1132634128 exec_host=m004/0
                            Resource_List.cput=00:30:00 Resource_List.ncpus=1
                            Resource_List.neednodes=1 Resource_List.nodect=1
                            Resource_List.nodes=1 session=24075 end=1132634368
                            Exit_status=0 resources_used.cpupercent=8
                            resources_used.cput=00:00:28 resources_used.mem=4324kb
                            resources_used.ncpus=1 resources_used.vmem=21992kb
                            resources_used.walltime=00:03:59
  11/22/2005 13:45:44  S    dequeuing from short, state 5

同様な動きをするコマンドにqstat -fxもありますので、同時にお試しください。

Q.
私のPBSジョブはまだ終わっていないのに削除されました。何が問題でしょうか？

A.
ジョブ実行中にシステム障害が発生していた可能性があります。また、ジョブ投入のPBSスクリプト内で下記のように-r n が指定されていたため、システムの復旧後にジョブが再実行されず、削除された可能性があります。

  #PBS -r n

次回以降のために、障害からの復旧後のジョブが自動再投入されるよう、PBSスクリプト内にて下記のように-r y を指定してください。

  #PBS -r y

Q.
IntelコンパイラでコンパイルしたバイナリがPBSジョブとして実行されません。
私のコードをオプション -shared-intel -mcmodel=medium を付けてコンパイルし、qsubを使って投入しました。が、以下のエラーが出て終わります。

./a.out: error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

他のコードでは以下のエラーとなりました。

./a.out: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory

qsub経由ではなくm000から直接実行するとこれらは正常に動きます。どうすれば良いでしょうか？

A.
利用者向け手引のPBS関係の記載の下部の「qsubスクリプト内でのモジュールのロード」にもありますが、
PBSジョブとして走らせるコードがIntelコンパイラやPython環境を必要とする場合には、必要なモジュールをqsubスクリプト内で読み込んでおく必要があります。
qsubスクリプトがsh対応なら、実行させたいコードの前に以下を追記してください。下記の例ではIntelコンパイラの環境が読み込まれます。

source /usr/share/Modules/init/sh
module load intel

他のモジュールを読み込む場合も同様です。もしqsubスクリプトがcshやtcsh対応なら、sourceするファイルを変更してください。

source /usr/share/Modules/init/csh
module load intel

または

source /usr/share/Modules/init/tcsh
module load intel

です。また、類似の案件がPBSジョブ内でPythonを利用する際に頻発するようです。その場合には

source /usr/share/Modules/init/tcsh
module load anaconda

などとして適切にご対応ください。

解析サーバに関する質問

Q.
macOSからVisItを使用するとエラーが発生し、使用できません。

A.
以下のようなエラーが発生する場合には、XQuartzの設定を行う必要があります。

  libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
  libGL error: failed to load driver: swrast
  X Error of failed request:  BadValue (integer parameter out of range for operation)
    Major opcode of failed request:  154 (GLX)
    Minor opcode of failed request:  3 (X_GLXCreateContext)
    Value in failed request:  0x0
    Serial number of failed request:  34
    Current serial number in output stream:  35
  Running: engine_ser2.10.0 -host 127.0.0.1 -port 5600
  libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
  libGL error: failed to load driver: swrast
  X Error of failed request:  BadValue (integer parameter out of range for operation)
    Major opcode of failed request:  154 (GLX)
    Minor opcode of failed request:  3 (X_GLXCreateContext)
    Value in failed request:  0x0
    Serial number of failed request:  34
    Current serial number in output stream:  35

この問題の解決方法には以下の二種類があります。

XQuartzのバージョンを2.7.10以降に更新する

ターミナルから以下のコマンドを実行する

  defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true

Q.
最新のPythonを使用することは可能でしょうか？

A.
最新のPythonについてはご自身のホームディレクトリにPythonをインストールしていただく必要があります。
一例として、Anacondaを用いる方法を以下に示します。

https://www.continuum.io/ からLinux 64bit対応のインストーラをダウンロードして、御自分のホームディレクトリに置きます。
シェルがbashなら、以下のようにしてインストールします。
```
  $ bash Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh
```
デフォルトでホームディレクトリ直下にインストールされ、環境変数の設定も行われます。
環境変数の設定が済んでいれば、AnacondaのPythonが使用されます。
```
  $ python --version
  Python 3.5.2 :: Anaconda 4.2.0 (64-bit)
```

Q.
外部のftpサーバから解析サーバにデータを送ることは可能でしょうか？

A.
解析サーバを含むCfCA HPCネットワーク内の機材は、セキュリティの観点からftpによる接続を許可しておりません。
scpコマンドなどを用いたデータ転送をお願いいたします。

Q.
年度が変わった際、利用申請が未だの段階でも解析サーバの/home/や/xc-work/にはアクセスできるのか？

A.
新年度の利用申請を行われていない場合、年度が変わった段階で解析サーバ上のデータへはアクセスできなくなります。
但し、利用申請が間に合わなくても解析サーバの/homeおよびファイルサーバのデータが直ちに消去されることはありません。

ネットワーク接続に関する質問

Q.
VPN接続がしばしば切れます。自動タイムアウト等が設定されているのでしょうか？

A.
CfCA側ではタイムアウトは設定していません。
VPN接続の安定性はご利用のネットワーク環境に強く依存します。
切断が頻発する際にはエラーメッセージや使用環境(OS,クライアント)を沿えて各種問い合わせからお知らせ下さい。
また、一ユーザあたりのVPNクライアント接続数は1接続/1台となっています。
3台目のVPN接続を行うと、それまで接続していた2台のVPN接続のいずれかが切断されます。

Q.
VPN接続を試みると Login failed. と言われます。
VPNパスワードは私がwww.cfca.nao.ac.jpにウェブログインした際に表示されるもので、今年度用に更新されているはずです。
私はどのように対処すれば良いでしょうか？

A.
僭越ながら管理者権限でVPNパスワードを拝見したところ、パスワードは末尾にセミコロン(;)が入った以下のようなものでした。

ABCDEFGHIJK;

重要なのは末尾のセミコロン(;)が文の区切りを表す特殊文字ではなく、パスワードの一部であるということです。
このセミコロンを含んだ文字群すべてがパスワードですから、間違えずに入力してください。
同様にして、パスワードが以下のような場合もあるかもしれません。

ABCD;EFGHIJK
ABCDEFGHIJK:
ABCDEFGHIJK.
ABCDEFGHIJK,

上記の第一番目はセミコロンが文字列の途中に挟まり、第二番目は末尾がコロン(:)で、第三番目は末尾がピリオド(.)です。
第四番目は末尾がコンマ(,)です。これらの記号「;」「:」「.」「,」はいずれもパスワードの一部であり、特殊な意味はありません。
すべて入力してください。言い換えれば、上記のパスワードは

ABCDEFGHIJKL

といった通常のASCII文字列と同等であるということです。
また、パスワードを打ち込む際には以下のような文字の取り違いがしばしば発生し得ます。

0 (数字の零), O (大文字のオー), o (小文字のオー)
1 (数字の一), l (小文字のエル), I (大文字のアイ), | (パイプ)
i (小文字のアイ) と j (小文字のジェイ)
u (小文字のユー) と v (小文字のヴイ)
6 (数字の六) と b (小文字のビー)
: (コロン) と ; (セミコロン)
. (ピリオド) と , (コンマ)
' (アキュートアクセント) と ` (グレイヴアクセント)
~ (チルダ) と ^ (サーカムフレックス)

これはVPNパスワードに限らず、パスワードを入力する際に注意すべき一般的な事項となります。

Q.
CfCA機器(例えばXC50)から外向きのssh通信として22以外のポート(12345等)を使いたいです。
ここではCfCA HPCネットワークから外部機関向けの通信の話をしています。
以前はこれが出来ていた記憶がありますが、今は出来ません。何故でしょうか？

A.
国立天文台のセキュリティポリシー強化により、
平成30年度からは内外の通信許可がより一層厳密になりました。
そのため、現在は22番ポート以外による外部通信が制限されております。
ご所属の機関が22ポートの利用を制限している場合には、
何らかの方法でHPCネットワークから接続できるsshゲートウェイを
御自分でどこかに準備して頂く必要があります。御了承ください。

Q.
CfCA HPCネットワークへIPsec VPNによる接続を試みましたが、接続できません。
XC30時代には接続できました。どうすれば良いでしょうか？

A.
平成30年度より運用開始されたCfCAの共同利用計算機システムに於いて、IPsec VPNはサポート対象外となっております。
詳しくはこちらのページをご覧いただき、SSL-VPNによる接続をお試しください。

Q.
VPN接続時にsshセッションが途中で切れる。どうしたら良いか？

A.
VPNが接続されたままの状態でsshセッションが切れる場合には以下の設定をお試しください。

Linux等を御利用の場合には~/.ssh/configに以下の設定を書き込んでください。
```
  Host *
  ServerAliveInterval=60
```
WindowsでPUTTYを使用している場合には設定で「カテゴリ」→「接続」をクリックすると、「接続の設定」画面が開きます。
そこで「Keepaliveの間隔」を10と設定してからssh接続を行って下さい。
WindowsでTeraTermを使用しているなら、設定で「SSH...」をクリックすると「TTSSH 設定」画面が開きます。
その中で「ハートビート (keep-alive)」を60と設定してからssh接続を行って下さい。

Q.
"The secure gateway has rejected the connection attempt." だそうです。
VPN接続が確立しないのですが、どうしたら良いですか？
具体的には、AnyConnectでのVPNアクセス時に以下のエラーが出ました。

  The secure gateway has rejected the connection attempt.
  A new connection attempt to the same or another secure gateway is needed, which requires re-authentication.
  The following message was received from the secure gateway: No assigned address

A.
これはVPN接続が混雑している場合（同時接続数が上限に達した場合）に表示されるものです。
しばらく時間を置いてから接続をお試しください。

Q.
大学内のhttpポートで外部と通信する際にproxy serverを経由している場合、macOSからVPN接続できません。
具体的には、AnyConnect でのアクセス時に次のようなエラーが発生しました。

  Could not connect server. Please verify internet connectivity and server address.

A.
macOS版のAnyConnectについてはproxy越しの接続に対応していません。Windows版であれば可能です。
AnyConnectはSSL通信を利用していますので、SSLで利用するポートがプロキシサーバを経由しない必要があります。
プロキシ無しにTCP/443ポートで接続できる環境をご用意ください。

Q.
LinuxのOSアップデート後、VPN接続ができなくなりました。

A.
Ciscoクライアントが対応しているLinux kernelは2.6までです。Kernelのバージョンを調べてください。

Q.
CfCAから教えて頂いた初期NISパスワードではVPN接続ができません。

A.
VPN接続用パスワードはNISパスワードとは別ものであり、別途お知らせしております。
そちらをお使いになって接続してください。

Q.
gitによる通信が実行できません。どうすれば良いですか？

A.
CfCAのHPCネットワークではport 22のみが外部へ開放されています。gitを使用する際は以下の設定を行ってください。

公開鍵をgitサーバに登録する。たとえばgithubの場合はwebページのsettings > SSH keysから手続きしてください。
ssh等でXCに秘密鍵を転送する。

Q.
bitbucketへのアクセスが遅いのですが、どうすれば高速化されますか？

A.
あなたの ~/.ssh/config に以下の記述を追加してください。

  Host bitbucket.org
  AddressFamily inet

該非判定に関する質問

Q.
該非判定って何ですか？

A.
まずはこのサイトから引用を行ってみます。詳しくはこちらのページをお読みください。

輸出する貨物又は提供する技術が外為法関連法規で規定されているリスト規制の
対象か否かを品目ごとに判定すること。具体的には、輸出貿易管理令「別表第一」
または外国為替令「別表」の１から１５の項に掲げられているものに該当するか否かを
判定する。該当すると、原則として輸出許可または役務取引許可が必要になる。
  
判定するためには、最新の法令（輸出貿易管理令・貨物等省令）が反映されている
判定表を用いて判定するが、様式は法令で定められていないが、最新の法令で、
判定者が判定し易く、判定理由が明確に読み取れるものである必要がある。
判定した結果を示した書類は「該非判定書」と呼ばれ、
経済産業省への許可取得時や、輸出通関時に提出を求められる。

上記の説明では何やら堅苦しくて分かりにくいので、これをCfCAの場合に当て嵌めて解説します。
本プロジェクト実施する計算機共同利用に於いては、計算機利用規則の第2条1.(a)により
共同利用計算機システムの利用申請およびWebアカウントの発行が認められるのは
原則として日本国の居住者に限られます。但し上記規則の第2条1.(b)により、
日本国の非居住者の一部に対しても計算機システムの利用申請およびWebアカウントの発行は認められています。
一方で、本プロジェクトが運用する共同利用計算機の性能は経済産業省が規定する安全保障貿易管理の規制が適用される規模であり、
従って日本国の非居住者が計算機利用および技術情報(Webアカウントを含む)の取得を行うに当たっては
法律(「外国為替及び外国貿易法」。通称「外為法」)の定める所に従った該非判定の実施が義務付けられております。
上記の法令に沿い、本プロジェクトに於いても日本国に非居住(主として上記規則の第2条1.(b)に該当する方)については
各種申請の前に定型的な該非判定を実施しています。具体的には、
日本国に居住しない方が新規にWebアカウントを申請する場合には申請と同時に該非判定のための情報提供の依頼をお願いしております。
皆様には誠にお手数をお掛けしますが、こちらのページの解説をお読みになって御協力をお願いいたします。

Q.
安全保障輸出管理の法令に違反すると罰則があるのでしょうか？

A.
あります。以下のページにも詳しいですが、外為法違反になりますので懲役・罰金またはその両方が課せられます。
また、輸出に関して規制があることを知っていたか否かで罰則の有無が変わることはありません。
これは技術の輸出を行う側つまり利用者に対してのみならず、技術の運用者つまりCfCA側に対しても同様に適用される考え方です。
もしも日本国に居住しない方が虚偽の情報(居住国や所属機関など)を申告し、該非判定を通過せずに計算機利用を行った場合には、
当人には刑事罰や行政制裁および国立天文台長命令による計算機利用の恒久的な資格喪失といった厳しい罰則が付与されると共に、
本プロジェクト対しては経済産業省より機器の運用停止命令が下り得、
双方にとり著しい不利益が発生する虞があります。

Q.
私は日本学術振興会の海外特別研究員です。学振は日本国の機関ですが、該非判定は必要ですか？

A.
必要です。日本学術振興会の特別研究員や海外特別研究員として日本国外に居住し
研究活動を行う場合には日本国の機関から給与が出ていることになりますが、
居住地が日本国ではなく、現実的な勤務先が日本では無いことから、
日本国の非居住者であると看倣すという通達を自然科学研究機構よりありました。
よって、学振の各種研究員各位が日本国外からCfCAの計算機資源を使おうとする場合にも該非判定が必要となります。

Q.
安全保障輸出管理への対応は自然科学研究機構全体で統一されているのでしょうか？
自然科学研究機構内の各研究所にある共同利用計算機システムの利用案内を読むと、
例えば国立天文台と分子科学研究所と核融合科学研究所では日本国の非居住者の扱いが
だいぶ異なるように見えるのですが。

A.
いいえ、統一されていません。また、同一研究所内であっても部署により該非判定の扱いが異なることがあります。
これは望ましい事では決し無く、改善されるべきですが、現実はそうなっていません。
よって皆様には誠に御面倒ですが、各研究所・各部署が有する安全保障輸出管理への対応方法に沿い、
該非判定に協力を頂くようお願いを申し上げるものです。
この不統一の解消については自然科学研究機構および日本国全体で取り組むべきものであり、私達も働き掛けを継続します。

Q.
私はいわゆる「外国ユーザリスト」に掲載された機関に勤務しています。
このような場合でもCfCAの計算機資源を使うことは可能でしょうか？
また、その時には何か特別な手続きが必要でしょうか？

A.
不可能とも言い切れません。まずは通常の該非判定の手続きを行って頂きます。
それに加え、そちらの機関が行っており外国ユーザリストに掲載された要因である研究開発と
あなた御自身の研究は全く無関係であることを宣誓する書類を提出して頂きます。
それらの書類を国立天文台長が熟読し、必要であれば経済産業省と協議の上で、該非判定が行われます。
ご存じのように外国ユーザリストは頻繁に更新されており、必要な書類も時に変更されます。
詳細についてはご申請を受け付け時点でその都度こちら側から連絡を行います。

Q.
うちの学生は本学への入学時に既に該非判定を通過しています。
ですからCfCAの共同利用計算機を利用するに際して該非判定は不要と思いますが、この理解で正しいですか？

A.
いいえ、正しくありません。
留学生として各大学へ入学する際に該非判定を通過した方についても、
CfCAの共同利用計算機を利用する際には該非判定が新たに必要です。
これは、安全保障輸出管理が様々な目的に分かれていることが理由です。
各大学への入学時には、各大学から供与される技術や知識に対して該非判定の通過が課せられます。
CfCAの共同利用計算機については、その計算機資源およびそれを利用するための技術に関する該非判定となります。
留学生の指導教員各位には誠にご面倒をお掛けしますが、御理解と御協力をお願い申し上げます。

Q.
うちの留学生には日本滞在中の経費を支給しています。該非判定が必要でしょうか？
この学生はまだ来日してから日が浅く、6ヶ月を経過していません。
本国では学生ですが、こちらでは大学の或る制度を使って
日本滞在中の必要経費(滞在費・宿舎費など)がすべて支給されています。
即ち、雇用契約は無いものの日本国内での生活の保証がされています。
よって来日から6ヶ月未満であっても日本国の居住者と看倣され、
CfCAの共同利用計算機を使うのに該非判定は不要になるのではと考えますが、いかがでしょうか？

A.
結論から言えば、この方についても該非判定は必要となります。
留学生に対して日本滞在中の経費を支払うことは昨今増えていると思います。
例えば理化学研究所の国際プログラム・アソシエイト(IPA)などです。
けれども、日本国内の機関が何らかの形で滞在中の経費を留学生に支給する事と
当該機関と当該留学生の間に雇用関係が存在する事は別物です。
その二者の間には書面による雇用契約が存在しているでしょうか？
多くの場合、機関と留学生との間に雇用契約は存在しないものと思います。
雇用契約が存在しなければ、外為法の通例に従って日本国の非居住者としての
該非判定を通過して頂くことが当方の計算機群をお使い頂く前提条件となります。
なお、もし当該機関と当該留学生の間に(TAやRAなどのパートタイムではない)
フルタイムの雇用契約が書面により存在するなら、その時点で当該人物は日本国の居住者となります。
しかし上記のように、必要経費や奨学金の支給のみでは雇用契約が存在するとは看倣されません。

Q.
I came to Japan recently, and want to use your computer system.
I heard that I need to go through some legal procedures before that.
Can you tell me how and what I should do?

A.
In Japan, there is a legal regulation called "Export Trade Control Order."
According to this law, when an applicant to our computer system does not
have the Japanese nationality, and if he/she is not officially employed
(based on a written contract) by institutions in Japan,
or when he/she has not stayed in Japan for more than six months,
CfCA has to prepare and submit a specific document for export trade control
to Ministry of Economy, Trade and Industry. This is for proving that
there would be no problem for the applicant to become a user of our computer systems.
The applicant is supposed to give us necessary information for us to get the paperwork done,
and this has to be completed before actual science review begins.
Please take a look at our webpage for this purpose for more details.

Q.
Can you tell me the actual procedure to get the export trade control done?
I am talking about how I can use your computer system while I am in Japan (as a non-paid student).
I found a webpage probably for this, but the description seems lengthy and complicated.
In addition, everything is written in Japanese.
Could you let me know what I should do in practice?

A.
We presume you are looking at our webpage for Export Trade Control.
First, please take a look at the following webpage for an outline of
what the export trade control system in Japan is.

The first question to you is: How long have you been in Japan?
If you have been already in Japan for more than 6 months,
you would not need to read the rest of this e-mail.
Just go ahead and prepare your science application form for each of the computer system (such as for XC50).

If you have been in Japan for less than 6 months,
you would have to give us the following information and material
through the web form in the above webpage:

氏名 ← Your name
メールアドレス ← Your e-mail address
居住国 ← Choose "Japan" (日本)
居住開始日 ← Enter the month/day/year of the first day of your stay in Japan
所属機関 ← Choose your current institute in Japan
所属機関の部局名 ← Enter your department at your institute
所属機関の代表者氏名 ← Enter the name of the President of your institute
所属機関事業内容 ← write down "Education and research" or whatever describes the business contents of your institute
該非判定に必要な情報提供目的 ← click "計算機共同利用" (use of computers)

Then, you will find a sub menu below that:

研究課題名 ← Enter the subject of your research
ファイル ← Upload a PDF file containing your specific research plan. The file size must be smaller than 2 MB, and the file type must be PDF.
通信欄 (misc) ← Enter some more information about you (if any) such as
Currently working at the Tokyo XXX University in YYY city in Japan for master's thesis.
Actually affiliated to University of XXXX in ZZZZ (country name)."

Also, provide us with the URL of the official webpage of University of XXXX in ZZZZ
as well as its president (dean, chair, ... or whoever is responsible for the operation of the university).
確認 (confirmation) ← Click it when you are done
プレビュー (preview) ← Click it, and a preview screen will show up

Then, finally

送信 (submit) ← Click to get it done

We must admit that it is very a formal, bureaucratic process.
But we must go through this thing to comply with a law (Foreign Exchange and Foreign Trade Act).
We appreciate your understanding, and thank you very much in advance.

Q.
I am working at an institute outside Japan, but want to use your computers.
I heard that I need to go through some legal procedures for that. How should I do it?

A.
First, we presume that you are qualified to use our computer system.
If not, please find another computer resources other than ours.
If qualified, same as the above Q&As, you would need to go through Export Trade Control Order.
Take a look at our webpage for Export Trade Control.
For understanding what the export trade control system in Japan is,
this governmental page may come in hand, so please browse through it.

Please give us the following information and material through the web form
in the above webpage of ours before we give you a web account of our site:

氏名 ← Your name
メールアドレス ← Your e-mail address
居住国 ← The country name where you live now
居住開始日 ← The month/day/year of the first day of your stay in the country
所属機関 ← Your current institute
所属機関の部局名 ← your department at your institute
所属機関の代表者氏名 ← The name of the President/CEO/... or whoever is responsible for your institute
所属機関事業内容 ← Something that best describes the business contents of your institute, such as "education", "medical service", "weapons production", "counterintelligence", and so on.
該非判定に必要な情報提供目的 ← click "計算機共同利用" (use of computers)

Then, you will find a sub menu below that:

研究課題名 ← Enter the subject of your research
ファイル ← Upload a PDF file containing your research plan in detail. The file size must be smaller than 2MB, and the format must be PDF.
通信欄 (misc) ← Enter some more information about you (if any).
Also, please provide us with the URL of the official webpage of your institute
as well as its president (dean, chair, ... or whoever is responsible for the operation of the university).
確認 (confirmation) ← Click it when you are done
プレビュー (preview) ← Click it, and a preview screen will show up

Then, finally

送信 (submit) ← Click to get it done

We appreciate your understanding, and thank you very much in advance.

Q.
Do I need to register my info on export trade control every year?
I am living outside Japan. I received several emails on export trade control,
but I have already provided this information a year ago.
Let me ask you if I need to send this information again.

A.
Yes, you do.
Your information that you had provided last year was effective just between a Japanese fiscal year (from April to the next March).
So, you have to repeat the similar procedure the next year again.
Thank you very much for your cooperation.

Q.
私は利用申請の採択後に日本国の非居住者となりました。該非判定は必要ですか？
具体的には、3月末まで私は日本国の研究機関におり、その時点で翌年度の利用申請が認められました。
そして現在は日本国外の大学で研究をしています。よって現時点では日本国の非居住者です。
この場合にも改めて該非判定が必要でしょうか？

A.
はい、必要です。どのような形にせよ利用者が日本国に非居住となった時点で該非判定が必須化されます。
そして、それは日本国での年度(4月→翌3月)内のみ有効な判定です。
ご面倒をお掛けしますが、よろしく御協力のほどお願い申し上げます。

その他の物事に関する質問

Q.
CfCAのWebアカウントに登録された電子メールアドレスを変更したいです。
しかし、変更を試みると「現在のパスワードが入力されていないか正しくありません。パスワードの変更に必要です。」と言われてしまいます。
パスワードは正しいものを入力しているはずです。どうすれば良いでしょうか？

A.
ご面倒をお掛けします。これはDrupalの悪仕様のようです。
Webアカウント作製手順のページの中段の「備考(よくある質問)：」の欄にこの問題への対処法が記されています。
具体的には、パスワード再発行の手続きと同等な作業を行います。お試しください。

Q.
I want to change my e-mail address on my web account at www.cfca.nao.ac.jp .
However, when I try to change my information on my profile page,
the system says "Your current password is missing or incorrect," and
I cannot make any changes. It is a problem for me, and what should I do?

A.
It is one of the typical FAQs, and please take a look at this pair of question and answer and this webpage.
Note the following information is all in Japanese.
In a word, for changing your registered e-mail address on your web account,
you would need to go through a process of re-issuing your password.
On the way, you are supposed to receive an e-mail from the web system,
and you will be able to change your registration information including
your e-mail address at the first login.

Q.
利用申請フォームに投稿したPDFファイルの内容をもう一度確認したい。
世の中の多くのサイトではそれが出来るはずだが、CfCAのウェブサイトではできないのか？

A.
申し訳ございませんが現状ではシステム上の制約により、
投稿後のPDFファイルをご確認いただくことはできません。
修正したい場合や投稿の成否が不安な場合には御面倒ですが再提出をお願いします。
なお申請者が学生の場合は、申請書の再提出後に指導教員へ推薦の確認のメールが届きます。
指導教員は届いたメールに記載されている申請書IDが正しいことを確かめてから作業を行ってください。

Q.
私が指導する学生の申請を承認しようとしたが、氏名が記入されていない。
手で記入しようとしたが、それも拒否される。このままでは承認が出来ないが、どうすれば良いか？
私が受け取った電子メールに記されていた「これをコピペせよ」というURLは以下であった。

http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請

A.
仰る通り、学生からの申請については指導教員の確認を取るため、
すべての教員宛てに以下のメールが届くようになっております。

申請を受理するためには貴方の確認が必要です。次のURLから申請内容を確認後、送信ボタンを押してください。
URLが途中で改行されている場合には、"http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval" から
"student=○○○○" までの文字列(URL)をコピーし、ブラウザのURL欄に手動でペーストしてください。
  
http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請 カテゴリXC-B (2019年度)&position=△△△△&student=○○○○

しかし教員の皆様のお手元の環境(メーラ等)によっては上記のようにURLが途中で改行され、
誤って一行目だけをコピペすることで正しくないページに誘導されることがあります。
今回ご報告されたものはその一つであり、上記URL

http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請 
カテゴリXC-B (2019年度)&position=△△△△&student=○○○○

の一行目だけをコピペしてしまった結果であると想像されます。
これを避けるためには電子メールに記されているURLのすべて(複数行にわたり)コピーし、
それを一行のURLとしてブラウザのURL欄に手動でペーストしてください。要するにURL

http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請 カテゴリXC-B (2019年度)&position=△△△△&student=○○○○

を手動で作ることになります。

Q.
I tried to confirm my student's application, but the URL seems broken.
I received an e-mail entitled "○○○○ 様の申請書確認依頼", but the URL seems weird. The e-mail tells me to copy

http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請 
カテゴリXC-B (2019年度)&position=△△△△&student=○○○○

and paste it on my browser. However, the copied URL does not seem to work.
What should I do to reach the correct place?

A.
This problem was presumably caused by your mailer application. You must have received an e-mail as follows:

申請を受理するためには貴方の確認が必要です。次のURLから申請内容を確認後、送信ボタンを押してください。
URLが途中で改行されている場合には、"http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval" から
"student=○○○○" までの文字列(URL)をコピーし、ブラウザのURL欄に手動でペーストしてください。
  
http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請 カテゴリXC-B (2019年度)&position=△△△△&student=○○○○

However, some mailer application folds the URL description with newline characters, and divide them into several lines such as

http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請 
カテゴリXC-B (2019年度)&position=△△△△&student=○○○○

This is probably because the mailer application regards text blanks as newlines.
Then if you copy just the first line of the folded URL, it would create an incomplete webpage.

To avoid this, bunch all the URL descriptions into a single line by hand such as

http://www.cfca.nao.ac.jp/supervisor_approval?id=7017&name=□□□□&email=aaaaaa [at] bbb.ccc.ddd.eee&category=XC50利用申請 カテゴリXC-B (2019年度)&position=△△△△&student=○○○○

and paste it on your browser. It would probably take you to the right place.

Q.
私は日本国外の研究機関に所属していますが、CfCAの共同利用計算機は使えますか？
もしも使える可能性があれば利用申請を提出したいです。

A.
もしあなたが日本国内の大学院で修士または博士号を取得されている場合は、可能です。利用申請資格の項目2を御覧ください。
該当する学位がない場合は、原則的には日本国内の研究機関・大学院にポストを持つ研究者あるいは学生であることが必要となります。
上記いずれにも該当しない場合は、プロジェクト長の判断に任されます。
また、この場合には利用開始前に該非判定の通過が必要となります。詳しくはこちらのページをお読みください。

Q.
共同研究者のデータをコピーするためだけにアカウントを取得することは可能ですか？
私の或る共同研究者が昨年度までは計算機共同利用者だったのですが、
今年度は諸事情のために利用者になっていません。
その人が作ったファイルを私が取得したいと考えています。

A.
いいえ、不可です。そのようなデータ取り出しのためだけのアカウント発行は許可されません。
そのような必要がある場合には共同研究者の方から直接データをお受け取りください。
CfCAではアカウント発行の際、本人確認を厳格に行っています。
上記の如き要望に応えてしまえば管理不行届きなアカウントが発行され、保安上の綻びが生じます。
そうした事態を防ぐため、他人のデータをコピーするためだけのアカウントは発行いたしません。
悪しからず御了承ください

Q.
利用申請書の提出時期と実際に計算機を使える期間の関係が良く分かりません。
どこかのページに情報がまとまっていたりしませんか？

A.
当方のウェブサイトの構造が複雑なためこうした重要な情報がきちんと伝わっておらず、申し訳ございません。
上記のご質問への回答はこちらのページ「申請時期と利用期間」に集約されておりますので、是非ご覧ください。

Q.
CfCAが主催する講習会に参加したいと思います。旅費は支給されますか？

A.
なるべく支給したい所ではありますが、その時々の予算状況に依存するので、一概には言えません。支出不可な場合もある事をご承知おきください。
なおCfCA主催の講習会に於ける旅費支給の原則がこちらのページにまとまっています。旅費支給のために必要な振込口座届出書についての説明もあります。

Q.
CfCAの計算機共同利用者が出版した論文などの一覧はありますか？

A.
こちらにあります。原則として年に一度、7月上旬に更新されています。

Q.
アカウントは貰ったものの、計算機を使っていません。研究成果を報告する必要はありますか？

A.
あなたの言う「アカウント」がCfCAのウェブアカウントのみのことを指すならば、
それはあなたがXC50や計算サーバ等の共同利用計算機の利用申請書を提出しなかった、
若しくは申請書を提出しても採択されなかたことを意味するでしょう。
要するにあなたは共同利用計算機を使わなかった(若しくは使えなかった)訳ですから、研究成果の報告をして頂く必要はありません。
一方、もしもあなたがXC50や計算サーバらの共同利用計算機の利用申請を提出し、
それが採択された上での「アカウント」(いわゆるNISアカウント)を意味しているならば、成果報告を提出して頂く必要があります。
これはあなたが共同利用計算機を実際に使ったか否かには関わりません。
共同利用計算機の利用申請書を提出し、審査を経て採択されたすべての利用者が負う責務です。

Q.
論文の出版時期とその報告時期に関する質問です。
毎年度の始めに実施されている利用者成果報告の収集では、提出すべき論文として以下が指定されています。(以下は2019年4月の調査の例)

『2018年4月1日から2019年3月31日の間に出版された論文や著書等の出版物』および
『すでに出版されてページ番号等が明確になっているもの』

この場合、以下のような論文についてはどう扱われるのでしょうか？

オンライン版は上記の期間内に発行されているものの、最終的に制定される正式な巻号頁は上記の期間の後になる論文

これは今回の報告対象となるのでしょうか？それとも、来年度に改めて報告する必要があるでしょうか。

A.
昨今は論文出版のオンライン化が進み、年度のみならず年の境界すらも曖昧になっていることは周知の事実です。
その不定性は本部局の手では制御できませんので、報告機会の選択は基本的に著者(報告者)の裁量にお任せしています。
上記の例のようにオンライン掲載と最終的な正式巻号頁が異なる場合にも、著者の裁量によって報告時期をお決め頂いて結構です。
2018年度の出版として報告されても構いませんし、来年まで待ってから2019年度の出版として報告されても構いません。
敢えてどちらが推奨であるかを問われれば、忘れないうちに早目の報告すなわち2018年度の出版としての報告でしょう。
しかしその最終的なご判断は著者の皆様にお任せするものです。

Q.
何度パスワードを打ち込んでもsshログインできません。
NISパスワードのことですが、電子メールで送付された初期パスワードを目で見て、手で打ち込んでいます。
どこに問題があり、私は何をすれば良いでしょうか？

A.
初期NISパスワードを目で見て手で打ち込んでおられるとのことですが、見間違いがあるかもしれません。
ご利用の端末がお使いのフォントによっては、幾つかの文字の区別が難しい場合があります。
このFAQの情報にあるこちらのQAをご覧になり、今一度ぜひ慎重にお試しください。
そして、初期nisパスワードの入力は電子メールからのコピペがお薦めです。

Q.
国立天文台三鷹はどうしてあのように交通不便な場所にあるのでしょうか？

A.
不便であるか否かは個人の感覚よる部分が大きいと思いますが、
現在の立地に関する歴史的な経緯についてはこちらのページが詳しいので、お読みください。

Q.
Cray XC50の次に、CfCAのスーパーコンピュータはどういうものになるでしょうか？

A.
さあ、それは誰にも分かりません。西暦2024年の春まで楽しみにお待ちください。

Last updated: Fri May 24 19:19:28 JST 2019

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