計算サーバに関する質問

これは、配布されたiSALE関係のファイルの最終アクセス日付が /mwork2 の定期ファイル削除 (atime +120) に抵触したからと予想されます。
配布されたファイル iSALE-Dellen.zip が以下であると仮定します。

  m000% ls -l
  合計 3292
  -rw------- 1 root root 3367828  1月 17 09:38 iSALE-Dellen.zip

このzipファイルを展開すると以下のようなファイルが現れるでしょう。
なお以下にある日付はファイルの最終アクセス日付 (atime) です。

  m000% ls -lutrR iSALE-Dellen
  iSALE-Dellen:
  合計 4140
  -rw------- 1 root root  144194  7月 21 03:15 parameters.db
  -rw------- 1 root root    1926  7月 21 03:15 material.inp
  -rwx------ 1 root root 1504283  7月 21 03:15 iSALE2D
  -rw------- 1 root root    4610  7月 21 03:15 asteroid.inp
  -rw------- 1 root root    4940  7月 21 03:56 psp_setupPlots.py
  -rw------- 1 root root     756  7月 23 12:54 isale.pbs
  -rw------- 1 root root   48205  7月 23 19:10 pySALEPlot.pyc
  -rw------- 1 root root   67253  7月 23 19:10 pySALEPlot.py
  -rwx------ 1 root root  381143  7月 23 19:10 libpsp.so
  -rw------- 1 root root    1234  7月 23 19:15 R_TrP.py
  -rw------- 1 root root    1201  7月 23 19:16 tracer.py
  -rw------- 1 root root    1260  7月 23 19:17 profile.py
  -rw------- 1 root root    2655  7月 30 07:11 plot.py
  -rw------- 1 root root    2471  7月 30 07:13 DenTmp.py
  drwx------ 2 root root    4096  7月 30 07:15 eos
  
  iSALE-Dellen/eos:
  合計 9068
  -rw------- 1 root root  446667  7月 21 03:15 granit1.aneos
  -rw------- 1 root root 5544808  7月 21 03:56 h2o_ice.aneos
  -rw------- 1 root root    3748  7月 21 03:56 granitm.input
  -rw------- 1 root root    1172  7月 21 03:56 granite.tillo
  -rw------- 1 root root    3593  7月 21 03:56 granite.input
  -rw------- 1 root root  446704  7月 21 03:56 granit2.aneos
  -rw------- 1 root root    1284  7月 21 03:56 gabbro1.tillo
  -rw------- 1 root root    4009  7月 21 03:56 forstrm.input
  -rw------- 1 root root    3791  7月 21 03:56 fayaltm.input
  -rw------- 1 root root    3917  7月 21 03:56 dunite_.input
  -rw------- 1 root root  446681  7月 21 03:56 dunite_.aneos
  -rw------- 1 root root    2731  7月 21 03:56 calcite.input
  -rw------- 1 root root  446696  7月 21 03:56 calcite.aneos
  -rw------- 1 root root    3690  7月 21 03:56 basaltm.input
  -rw------- 1 root root    1050  7月 21 03:56 basalt_.tillo
  -rw------- 1 root root  441233  7月 21 03:56 basalt_.aneos
  -rw------- 1 root root    1114  7月 21 03:56 aluminu.tillo
  -rw------- 1 root root    1168  7月 21 03:56 wettuff.tillo
  -rw------- 1 root root    1088  7月 21 03:56 water__.tillo
  -rw------- 1 root root  446706  7月 21 03:56 water__.aneos
  -rw------- 1 root root  446729  7月 21 03:56 quarzit.aneos
  -rw------- 1 root root    5321  7月 21 03:56 quartzm.input
  -rw------- 1 root root    5216  7月 21 03:56 quartz_.input
  -rw------- 1 root root    1093  7月 21 03:56 pyrex__.tillo
  -rw------- 1 root root    1111  7月 21 03:56 polyeth.tillo
  -rw------- 1 root root     776  7月 21 03:56 perfgas.tillo
  -rw------- 1 root root    1002  7月 21 03:56 miesand.tillo
  -rw------- 1 root root    1175  7月 21 03:56 limesto.tillo
  -rw------- 1 root root    1109  7月 21 03:56 iron___.tillo
  -rw------- 1 root root  446656  7月 21 03:56 iron___.aneos
  -rw------- 1 root root    1357  7月 21 03:56 iceb___.tillo
  -rw------- 1 root root    1025  7月 21 03:56 ice____.tillo
  -rw------- 1 root root    3265  7月 21 03:56 ice____.input
  -rw------- 1 root root    1122  7月 21 03:56 fuseqtz.tillo
  -rw------- 1 root root    1170  7月 21 03:56 drytuff.tillo
  -rw------- 1 root root     785  7月 21 03:56 dry_air.tillo

ご覧のように、各ファイルのatimeは現在より120日以上前のものです(上記の「7月」とは2018年7月のこと)。
この場合、上記ファイルを計算サーバの作業領域 /mwork{1,2}/ 以下に置いて使うと 毎日定時のファイル削除ルーチンに引っ掛かり、ファイルが削除されてしまいます。
これを避けるためには必要なファイルにアクセスしてatimeを更新するか、もしくは定期的に削除されないディレクトリにファイルを置いてください。
(最終更新日 2025年5年29日)

PBSスクリプトの書き間違えが考えられます。
例えば以下のようにオプション -N の引数に空白(スペース)が含まれるとジョブ投入は為されません (my と test の間)。
これはPBSの仕様です。

  #PBS -N my test job.sh

詳しくは man pbs をご覧になり、qsubのオプション詳細をお調べください。
(最終更新日 2025年5月28日)

これは計算ノードとサーバ側の通信が一時的に途切れたものと予想されます。
やや時間を置いてから再び qsub してみてください。
もし何度か試行しても状況が改善しなければ、問い合わせページからお問い合わせください。
(最終更新日 2025年5月28日)

はい、出来ます。
たとえば an14 からは以下のように見えますので是非お使いください。

an14% df -m /mwork1 /mwork2/
Filesystem                        1M-blocks     Used Available Use% Mounted on
mfs01.cfca.nao.ac.jp:/tank0/mwork 339354538 60790429 278564109  18% /misc/mwork1
mfs02.cfca.nao.ac.jp:/tank0/mwork 339347415 71606491 267740924  22% /misc/mwork2

an14% ls -lad /misc/mwork?
lrwxrwxrwx. 1 root root 12 Mar 18 19:43 /mwork1 -> /misc/mwork1/
lrwxrwxrwx. 1 root root 12 Mar 18 19:43 /mwork2 -> /misc/mwork2/

(最終更新日 2025年5月28日)

/mwork{1,2}を提供するnfsサーバ (FreeBSD) は m000 (Rocky Lonux) とOSが異なるため、現時点ではquota状況を即時に表示するコマンドが未だありません。
代替として全利用者のquota状況を記したファイル/mwork{1,2}/userspace.txtが準備されており、
これらは60分に1度の頻度で更新されています。このファイルをcatするか、以下のようにしてください。

  grep `whoami` /mwork{1,2}/userspace.txt

すると以下の例のようにご自分の利用状況(右から二欄目の数値)およびquota上限値(右端欄の数値)が表示されます。

/mwork1/userspace.txt:POSIX User  itootk        10.1T    24T
/mwork2/userspace.txt:POSIX User  itootk         224G    24T

(最終更新日 2025年5月28日)

これはディレクトリ /mwork2 が有するquota制限に抵触したためです。
試しに環境変数 LANG を C へ変更すると、より直截なメッセージが出ます。

  % env LANG=C echo something > /mwork2/username/output.txt
  /mwork2/username/output.txt: Disk quota exceeded.

不要なファイルを削除または移動してください。
また、この下にあるQ＆A「quotaコマンドを使っても /mwork{1,2} について情報が現れません」も併わせてお読みください。
(最終更新日 2025年5月28日)

はい、掛かっています。
利用の手引きを御覧ください。
但し、この領域でquotaの溢れが発生しても利用者には電子メールなどでの警告は届きません。
ご自分がどのくらいのファイル量を保持しているかには常に留意してください。
(最終更新日 2025年5月28日)

その通りです。
特に小さなファイルを多数書き込む場合、/mwork{1,2} への書き込み速度は以前にあった作業領域へのそれよりずっと高いです。
これは /mwork{1,2} がFreeBSDのZFSファイルシステムにssdによるキャッシュ機能を与えたものだからです。
とりわけ小さなファイルを多く書き込む利用者は、その高い速度を体感するでしょう。
(最終更新日 2024年以前)

はい、使えます。module コマンドを使ってください。

  module load miniconda/3

なお pySALEPlot は Python 2 系にしか対応していません。
使い分けを工夫してください。
(最終更新日 2024年以前)

はい、使えます。
リンク時にオプション -mkl を指定してください。
(最終更新日 2024年以前)