コマンドラインからqsubスクリプトに引き数を渡すことは出来るでしょうか？

はい、可能です。
それには qsub の -v オプションを使います。具体的には以下の書式

% qsub -v pbs_extravar=ABC シェルスクリプト

を使えば変数 pbs_extravar に値 "ABC" が入り、それがシェルスクリプトに渡されます。
複数の変数に同時に値を渡すこともできます。
例えば

% qsub -v pbsvarX=ABC,pbsvarY=DEF シェルスクリプト

とすると変数 pbsvarX には値 "ABC" が入り、変数 pbsvarY には値 "DEF" が入ります。

なおこの場合、変数=値 の組の間にスペースを含めないようにしてください。
例えば

% qsub -v pbsvarX=ABC, pbsvarY=DEF シェルスクリプト

などとすると、pbsvarY=DEF の部分は qsub の別種の引数と解釈されてしまいます。
その結果として変数 pbsvarX の値は渡りますが、変数 pbsvarY の値はシェルスクリプトに渡らなくなります。
詳しくは qsub のオンラインマニュアルなどを参照してください。
(最終更新日 2025年6月3日)