特定のジョブが終わってから次の特定のジョブが走るqsubオプションはありますか？

はい、あります。
オプション -W depend=afterok:ジョブID オプションを使用してください。

  qsub -W depend=afterok:244.m000 JOB_B

これにより、JOB_A が終了した後に JOB_B が走り出します。

  Job id           Name             User             Time Use S Queue
  ---------------- ---------------- ---------------- -------- - -----
  244.m000         JOB_A            user             00:00:09 R short
  245.m000         JOB_B            user             00:00:00 H short
  246.m000         JOB_C            user             00:00:00 R short

上記の他に afterng, afterany も指定できます。
qsub のマニュアルを御覧ください。
(最終更新日 2025年6月3日)