ジョブをqsubしましたが、以下のエラーが出力されてジョブが走りません。

以下のように言われます。

  stty: standard input: Invalid argument
  forrtl: severe (174): SIGSEGV, possible program stack overflow occurred.
  Program requirements exceed current stacksize resource limit.
  Superusers may try increasing this resource by 'limit stacksize xxx',
  where xxx is unlimited or something larger than your current limit.
  Other users should contact your system administrator for help.

このエラーはstacksize上限を解除すると回避できることがあります。
cshやtcshの場合には以下のようにしてください。

  unlimit

shや bashの場合には以下のようにしてください。

  ulimit -s unlimited

PBSスクリプト内では以下のようにして上限解除の指定を追加してください。

  #!/bin/sh
  #PBS -r y
  #PBS -m ae
  #PBS -q long
  #PBS -l nodes=1
  
  # This job's working directory
  echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
  cd $PBS_O_WORKDIR
  echo Running on host `hostname`
  echo Time is `date`
  echo Directory is `pwd`
    
  # Run your executable
  ulimit -s unlimited		# ★ここに追加
  ./a.out

(最終更新日 2024年以前)