スパコンの利用申請書(カテゴリB)を募集締切日時までに提出できませんでした。

今からでも申請を受け取って貰えるでしょうか？

いいえ、受け取れません。
公平性の観点から、締切日時を過ぎたら申請書は一切受け付けません。
どのような理由があっても不可です。
随時申請カテゴリへの申請をご検討ください。

また大型計算機の共同利用を行う機関はCfCAだけではなく、他にもあります。
以下のページなどをご一読ください。