m000.cfca.nao.ac.jp で使える $HOME/.emacs の雛型はありますか？

はい、/etc/skel/.emacs があります。
但しご覧のようにこの中身はほぼ空と言えるものなので、ご自分で追記を頂く必要があります。
(最終更新日 2025年6月3日)