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PBSジョブ終了後に Post job file processing error と言われました。

具体的には、PBSジョブ終了後の通知メール内に以下が記されていました

Date: Thu, 1 Nov 2018 12:36:42 +0900
From: adm 
Subject: PBS JOB 374683.m000.cfca.nao.ac.jp
  
PBS Job Id: 374683.m000.cfca.nao.ac.jp
Job Name:   bcn0839
Post job file processing error; job 374683.m000.cfca.nao.ac.jp on host m097

これは何を意味しているでしょうか？
なお実行結果としての出力は正常なようです。

詳細を知るため、当該計算ノード上でこのジョブに関するログを探してみました。
以下が該当するようです。

20181024:10/24/2018 14:40:59;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Started, pid = 1516
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;task 00000001 terminated
20181101:11/01/2018 12:36:09;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Terminated
20181101:11/01/2018 12:36:09;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;task 00000001 cput=186:34:43
20181101:11/01/2018 12:36:09;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;kill_job
20181101:11/01/2018 12:36:09;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;m097 cput=186:34:43 mem=14544kb
20181101:11/01/2018 12:36:09;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;no active tasks
20181101:11/01/2018 12:36:09;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Obit sent
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;copy file request received
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=1
20181101:11/01/2018 12:36:09;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=2
20181101:11/01/2018 12:36:20;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=3
20181101:11/01/2018 12:36:20;0080;pbs_mom;Fil;sys_copy;command:
  /bin/cp -rp /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU /mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out status=1, try=4
20181101:11/01/2018 12:36:41;0004;pbs_mom;Fil;374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU;
  Unable to copy file /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU to m000:/mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out
20181101:11/01/2018 12:36:41;0004;pbs_mom;Fil;374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU;
  /bin/cp: cannot create regular file '/mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out': Permission denied
20181101:11/01/2018 12:36:42;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Job files not copied: 
20181101:Unable to copy file /var/spool/pbs/spool/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU to m000:/mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out
20181101:Output retained on that host in: /var/spool/pbs/undelivered/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU
20181101:11/01/2018 12:36:42;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;staged 2 items out over 0:00:33
20181101:11/01/2018 12:36:42;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;no active tasks
20181101:11/01/2018 12:36:42;0100;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;Obit sent
20181101:11/01/2018 12:36:42;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;delete job request received
20181101:11/01/2018 12:36:42;0008;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;kill_job
20181101:11/01/2018 12:36:42;0080;pbs_mom;Job;374683.m000.cfca.nao.ac.jp;delete job request received

これによれば、このPBSジョブは正常に終了したものの標準出力を利用者指定のファイル /mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out に書き出そうとし、失敗しています。
失敗の理由は

/mwork1/itootk/SWIFT.F0/bcn0839/Log.out': Permission denied

とあります。
よって、おそらく Log.out というファイルが既に存在し、しかもそのパーミッションが 000 といったPBSのデーモンが書き込み不可の状況にあったと推定されます。
こうした既存のファイルを削除しておけば、今回のエラーは出なかったと思われます。
なお上記のログにあるように書き出しに失敗した標準出力の内容はファイル

/var/spool/pbs/undelivered/374683.m000.cfca.nao.ac.jp.OU

として計算ノード側に保持されています。
もしもこのファイルを御所望の場合には本プロジェクトにご連絡を頂ければ手動で発掘してお渡しすることは不可能ではありません。
(最終更新日 2025年5月29日)

© 2006 Center for Computational Astrophysics, NAOJ

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