Apptainerの使用方法

ここでは例としてubuntu24.10を用います。ご使用になれるdockerイメージは以下からご覧になれます。
https://hub.docker.com

1. コンテナの構築
   • 定義ファイルを用いてコンテナを構築する場合

     まず、以下のようなdefファイルを作ります。

     $ cat ubuntu24.def Bootstrap: docker From: ubuntu:24.10 %post apt-get update apt-get install （必要なソフトウェア）-y

     以下のコマンドで先ほど作ったdefファイルからビルドします。

     $ apptainer build --fakeroot ubuntu24.sif ubuntu24.def

   • コンテナにログインして構築する場合

     まず、コンテナイメージをsandbox形式で用意します。

     $ apptainer build --sandbox ubuntu24 docker://ubuntu:24.10

     コンテナにログインします。

     $ apptainer shell --writable --fakeroot ubuntu24

     必要なソフトウェアをインストールし、コンテナからログアウトします。

     Apptainer> apt-get update Apptainer> apt-get install （必要なソフトウェア）-y Apptainer> exit

     sandbox形式のイメージをsifファイルに変換します。

     $ apptainer build ubuntu24.sif ubuntu24

2. コンテナの使用

   ジョブスクリプト内で実行コマンド部分を以下のようにします。

   $ cat test.sh ... （略） ... srun apptainer exec --bind /work/<username> ubuntu24.sif （実行ファイル）

   ジョブスクリプトを実行します。

   $ sbatch test.sh