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キュー openmp にジョブを流していますが、計算速度が遅いです。

qstat-n1 の出力は以下の状況ですが、どこに問題があるでしょうか?

Job ID          Username Queue    Jobname    SessID NDS S ETime Node Alloc
--------------- -------- -------- ---------- ------ --- - ----- ----------
543210.m000.cfc userABC  openmp   jobXYZ       9558   1 R 252:1 m234/12

上記の出力を見る限り、このジョブは 1 コアしか使っていませんね。
上記の m234/12 という表示がそれを示します (計算ノード m234 の第 12 コア)。
キュー openmp に投げたジョブが 4 コアを使う場合、qstat-n1 の表示は以下のように *4 が付加されます。
2コアの使用ならば *2 が現れます。

Job ID          Username Queue    Jobname    SessID NDS S ETime Node Alloc
--------------- -------- -------- ---------- ------ --- - ----- ----------
550969.m000.cfc itootk   openmp   para_test   10810   1 R 569:5 m012/1*4  

あなたのPBSジョブが 1 コアしか必要ないならば、openmp ではなく mid, long キューを使うべきでしょう。
本当に複数コアを使いたいなら、qsub 時に

$ qsub -l ncpus=使用コア数 ...

の指定が必要です (qsubスクリプト内に記すことも可)。
必要に応じて適切な選択肢を取ってください。
(最終更新日 2025年6月3日)

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