うちの留学生は本学への入学時に既に該非判定を通過しています。

ですからCfCAの共同利用計算機を使うに際して該非判定は不要と思いますが、この理解で正しいですか?

はい、正しいです。
その方が日本国にある受け入れ先の大学・研究所等で該非判定を通過していれば、国立天文台側で二度目の判定を行う必要はありません。
そのまま各種の利用申請にお進みください。
なお当該の方がウェブアカウントの申請を行う際には、申請フォーム内の「特記事項」欄に「○○大学に於いて既に該非判定を終えている」などと記して頂けると事情が分かり、大変に助かります。
(最終更新日 2025年5月23日)