国立天文台三鷹はどうしてあのように交通不便な場所にあるのでしょうか?

特に最寄駅(武蔵境駅や調布駅)から徒歩で行けないのが厳しいです。

不便であるか否かは個人の感覚よる部分が大きいでしょう。
徒歩でも来られないことはなく、たとえば武蔵境駅からは50分間も歩けば到着します。
しかし天候が悪い日や炎天下では、確かにそれは厳しい条件ですね。
国立天文台の現在の立地に関する歴史的な経緯についてはこちらのページが詳しいので、お読みください。
(最終更新日 2025年5月23日)