GRAPE: よくある質問とその答え (FAQ)

目次

Q:G7ノードのモデルの確認の方法 (GRAPE-7:2009-07-13)

A:以下のコマンドでGRAPE-7のモデルを直接確認できます。

/misc/local/grape/g7/g7pkg2.1/scripts/lsgrape

2008年度10月までの試験運用中はmodel 600を使用しておりましたが、11月以降はmodel 300に変更となっております。
モデルに関するより詳細な情報は
G5nbPIPE ユーザガイド
を御覧下さい。

Q:1ノードのGRAPE-DRでCPU4コアを使って並列計算し、
それぞれのコアにつき1チップのGRAPE-DRを割り当てて計算する方法 (GRAPE-DR:2011-04-08)

A:各コアにチップを割り当てる計算は可能です。特定のチップのみを使用する方法
は大きく分けて2つあります。
1つのプロセスからOpenMPなどで個別のチップを制御する場合は、

void g5_openMC(int devid);

のようにチップを指定するMC関数群があります。使用可能な関数はインクルードファイルをご覧下さい。

また、1つのプロセスから指定のチップを1つ使う場合は、MCではない通常の関数
群を使用して、環境変数GDEVICEで使用するチップを指定する方法があります。
例えば、4チップ使う場合は、

GDEVICE="0 1 2 3"

によってチップ0から3までの4チップ全て使用します。もし0, 1の2チップのみを使う場合は、

GDEVICE="0 1"

とします。

Q:GRAPE-DRでの計算時間がmicro GRAPE使用時より長くなってしまいます (GRAPE-DR:2011-04-08)

A:プログラムの高速化に関しては、ご使用のコードに依存します。micro GRAPEよ
りも遅くなるとのことですが、通信速度が原因となっている可能性があります。
粒子数が少ない場合は、DRの使用チップ数(デフォルトでは最大の4チップ)を少なくすると改善する場合があります。

Q:計算中incorrect ack 1というメッセージが出る (GRAPE-DR:2013-01-18)

A:incorrect ack 1というメッセージは温度測定のICとの通信に失敗したときに表示されます。
プログラムが異常終了しなければretryして成功していますので問題ありません。

Q:g6calc_first_allでsegmentation faultが発生する (GRAPE-DR:2013-01-18)

A:g6calc_firsthalf_all で渡す配列はポインタの後にnpipe 個(256個）のデータが存在していることが必要です。
これよりも小さい配列を渡した場合はエラーが発生する場合があります。

Q:g++でhibdrv.hをインクルードするとコンパイルエラーが発生する (GRAPE-DR:2013-01-18)

A:hibdrv.hはC言語を前提に作られており現状では、g++でコンパイルできません。
ただ、GRAPE-5, GRAPE-6の互換関数のみを使っている場合は、hibdrv.hのインクルードは不要ですので、hibdrv.hを使わないで、動くかどうか確認してください。

Q:GRAPE-DRのg6互換ライブラリはset_j_particleを呼び出すたびにDRと通信をして粒子を送っているのでしょうか？(GRAPE-DR:2013-09-05)

A: はい、その通りです。

Q:torque で実行させるプログラムは、muv01.cfca.nao.ac.jp上でコンパイルしても大丈夫でしょうか?(GRAPE-DR:2013-09-05)

A: muv01.cfca.nao.ac.jp 上でコンパイルして問題ありません。
gdr-07などの計算ノード上でコンパイルする必要はありません。

Q:GRAPE-DRには近傍粒子リストが無いとのことですが、今後実装する予定はあるのでしょうか?(GRAPE-DR:2013-09-05)

A: GRAPE-DRでは近傍粒子リストを貯めておくメモリが無いためGRAPE-6と同様の近傍粒子探索を実装するのは事実上不可能とKFCR社より回答がありました。
そのため、近傍粒子リストの実装の予定はありません。

Q:i粒子とj粒子に同じ位置の情報を送って、ソフトニングパラメーターを設定しない場合には nan が返ってくるはずだが、それらしい値が返ってくる(GRAPE-DR:2013-09-05)

A: g5_calculate...関数でi粒子とj粒子に同じ粒子の情報を設定し、ソフトニングパラメーターを設定せずに重力を計算すると自分自身からの重力を計算しようとしてしまい、関数は非数値 nan を返します。
しかしながら、現在のライブラリでは一度入力したソフトニングの値は電源が切れるまで保持されます。
そのため、close,open したあとは全ての値を設定しなおすことが望まれます。

Q:GRAPE-7の計算ノードにログインする際のパスワードを変更したいのですが、passwdコマンドでは変更できません(その他:2013-09-05)

A: 共同利用計算機(解析サーバ、計算サーバ、GRAPEシステム)のログインパスワードはすべての機材において共通となっております。
パスワードを変更する際はログインノードや解析サーバでyppasswdコマンドを使って変更していただくことでGRAPE-7計算ノードのパスワードも変更されます。
パスワード変更後その設定が反映されるまで数分かかりますのでご注意下さい。

Q:"ディスク使用量制限を超過しました"というメッセージが出るのですが、対処法はあるのでしょうか？(その他:2013-09-05)

A: home領域は100GB、cfca-work領域は1TBの容量制限を行なっています。
上記のメッセージはこの制限を超えた時に表示されますので、ファイルの削除を行いこの制限値以下にしていただければ再度書き込みが可能となります。
また、"quota"コマンドを使うことで現在使用しているディスク使用量を確認できます。

Q:g6calc_lasthalf2_allの動作が不安定なのですがどうすれば良いのでしょうか？(GRAPE-DR:2014-05-14)

A: 粒子数が変化した際に g6calc_lasthalf2_all の動作が不安定になる現象が発生することがあります。
粒子数が変化した後 g6_clase_all と g6_open_all を呼ぶことでこの現象を回避できる可能性があります。

Q:GRAPE-DRのカットオフ機能が働いていないのですがどうすれば良いでしょうか？(GRAPE-DR:2015-06-03)

A: g5_open() の後すぐに、

g5_set_cutoff_table(NULL, 0.0, 0.0, NULL, 0.0, 0.0);

を入れて下さい。

この関数は GRAPE-7, GRAPE-9 では無効にしているのですが、
GRAPE-DR に限って使用してます。
引数はすべて dummy で結構です。

Q:平成29年度からのGRAPEカテゴリおよび申請時期の変更について(その他:2017-03-29)

A: 平成29年度の募集より、GRAPEは従来のカテゴリ分類(GRAPE-A、B、Trial)を廃止し、単一のGRAPEカテゴリに統一されました。
また、これに伴い募集時期の制限も無くなり、従来のTrialカテゴリや計算サーバと同様にGRAPEも随時申請となりました。